结论：工程质量不合格但已经支付工程款的情况下，能否要回工程款取决于多个因素，包括工程质量不合格的原因、合同中的相关条款以及双方的责任划分等。以下从不同角度进行分析：
一、工程质量不合格的原因及责任划分
承包方责任：
- 如果工程质量不合格是由于承包方的施工不当、材料不合格或违反合同约定等原因造成的，那么承包方应承担相应的违约责任。
- 在这种情况下，发包方有权要求承包方进行修复、返工或采取其他补救措施，并有权根据合同约定或法律规定要求承包方承担违约责任，包括赔偿损失。
- 如果发包方已经支付了工程款，但工程质量不合格，且该不合格是由于承包方的原因造成的，发包方有权要求承包方返还部分或全部工程款，或者通过法律途径追偿因工程质量不合格所造成的损失。
发包方责任：
- 如果工程质量不合格是由于发包方提供的图纸、设计、材料或指令等存在问题导致的，那么发包方应承担相应的责任。
- 在这种情况下，承包方可能无需对工程质量不合格承担责任，甚至有权要求发包方支付因修复或返工而产生的额外费用。
- 如果发包方已经支付了工程款，但工程质量不合格是由于发包方自身的原因造成的，那么发包方通常无权要求承包方返还工程款。
二、合同中的相关条款
- 合同中通常会包含关于工程质量、验收标准、付款条件以及违约责任等条款。这些条款是双方履行合同义务和享有权利的依据。
- 如果合同中明确规定了工程质量不合格时的处理方式和责任划分，那么双方应按照合同约定执行。
- 如果合同中没有明确规定或规定不明确，那么双方应根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。
三、法律途径及建议
协商与调解：
- 在发现工程质量不合格后，双方应首先尝试通过协商和调解的方式解决争议。这有助于维护双方的合作关系，并降低解决争议的成本。
仲裁或诉讼：
- 如果协商和调解无法达成一致意见，双方可以根据合同约定或法律规定选择仲裁或诉讼的方式解决争议。
- 在仲裁或诉讼过程中，双方应提供充分的证据证明自己的主张，并接受仲裁机构或法院的裁决。
建议：
- 对于发包方而言，在支付工程款前应确保工程质量符合合同约定和验收标准。如果发现工程质量不合格，应及时与承包方沟通并要求其进行修复或返工。
- 对于承包方而言，应严格按照合同约定和施工规范进行施工，确保工程质量符合标准。如果因自身原因导致工程质量不合格，应积极承担责任并采取补救措施。
举例说明：假设一个建筑工程合同中明确规定了工程质量应达到国家相关标准，并约定了验收程序和付款条件。在施工过程中，承包方使用了不合格的材料导致工程质量不合格。发包方在验收时发现了这一问题并拒绝支付剩余工程款。此时，承包方应承担修复或返工的责任，并可能因违反合同约定而承担违约责任。如果发包方已经支付了部分工程款，但工程质量不合格是由于承包方的原因造成的，发包方有权要求承包方返还部分或全部已支付的工程款，或者通过法律途径追偿损失。
总结：工程质量不合格但已经支付工程款的情况下，能否要回工程款取决于工程质量不合格的原因、合同中的相关条款以及双方的责任划分。建议双方在遇到此类问题时及时沟通并寻求专业法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。