结论：单位只允许女职工休三个月产假是不合理的，且多数情况下违反了我国相关法律规定。

详细分析：

1. 法律规定与产假时长：

   • 根据《女职工劳动保护特别规定》第七条，女职工生育应享受98天产假，其中产前可以休假15天。难产的，增加产假15天；生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，增加产假15天。这一规定明确了女职工在生育期间应享有的最低产假天数，是保障其合法权益的重要法律依据。
   • 此外，不少地区还会根据实际情况额外给予延长产假天数，一般会在60天左右，具体天数需参照当地政策。因此，单位规定的三个月产假（即90天）往往低于国家法定的最低产假标准。

2. 单位缩短产假的原因及合法性分析：

   • 单位缩短产假可能源于法律意识淡薄、成本考量或工作安排与行业惯例等因素。然而，这些原因并不能成为违反法律规定的借口。
   • 无论出于何种原因，单位缩短产假都是违法的，因为它侵犯了女职工的合法权益。女职工在生育期间应享有充分的休息和恢复时间，这是保障其身体健康和婴儿健康成长的重要条件。

3. 女职工的权益保护与应对措施：

   • 了解自身权益：女职工应充分了解自己依法享有的产假时长和相关待遇，包括产假期间的工资、生育津贴等。
   • 与公司沟通：在发现单位缩短产假时，女职工应首先与公司进行积极沟通，明确要求公司按照法律规定来保障其产假权益。
   • 投诉与法律援助：如果协商未能达成一致，女职工有权向当地的劳动监察部门进行投诉，或者申请劳动仲裁。在必要时，可以寻求法律援助以维护自己的合法权益。
   • 保留证据：在维权过程中，女职工应保留好相关证据，如劳动合同、工资单、产假通知等，以便在需要时提供证明。

4. 可能的法律后果：

   • 如果单位违反法律规定缩短产假，劳动监察部门将依法对其进行查处，并可能要求单位支付赔偿金或补足产假天数。
   • 女职工在产假期间，用人单位不得采取降低工资、辞退或其他任何形式来解除劳动合同。如果公司在这方面存在违法行为，女职工同样可以向相关部门进行举报，并寻求必要的法律援助。

建议：作为女职工，应充分了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的法律措施来维护这些权益。如果遇到单位缩短产假的情况，不要害怕或妥协，而是应该积极维权，确保自己的合法权益得到保障。同时，相关部门和单位也应加强法律宣传和执行力度，共同营造一个公平、公正、和谐的劳动环境。