结论：老板名下有两家公司，工资分开两部分发且劳动合同也分开签了两份，这种情况确实可能存在一些问题，主要涉及税务、社保缴纳以及劳动合同效力等方面。以下是对这些问题的详细分析：

1. 税务问题：

   • 个人所得税：根据税法规定，个人从两处或两处以上取得工资、薪金所得的，应合并计算个人所得税。如果老板将工资分开两部分发放，但并未在税务申报时合并计算，那么可能存在偷逃税款的嫌疑，这不仅对员工不利，也可能对老板和公司带来税务风险。
   • 税务合规建议：员工应确保自己的所有收入都依法申报纳税，老板也应确保公司的税务申报合规，避免不必要的税务纠纷。

2. 社保缴纳问题：

   • 社保基数：社保缴纳基数通常与员工的工资收入相关。如果工资被分开两部分发放，且两部分工资分别对应不同的公司，那么社保缴纳基数可能无法准确反映员工的实际收入水平，从而影响员工的社保权益。
   • 社保合规建议：员工应关注自己的社保缴纳情况，确保社保基数与实际收入相符。老板也应确保公司的社保缴纳合规，保障员工的合法权益。

3. 劳动合同效力问题：

   • 合同真实性：虽然签订了两份劳动合同，但如果这两份合同都是真实有效的，且员工确实在两家公司都提供了劳动，那么从法律上讲，这两份合同都是有效的。然而，如果其中一份合同是虚假的，或者员工并未在对应公司实际工作，那么这份合同可能无效，甚至可能涉及欺诈等法律问题。
   • 合同内容合规性：即使两份合同都是真实的，也需要检查合同内容是否合规。例如，合同中的工资条款、工作时间条款、福利待遇条款等是否符合法律法规的规定。
   • 劳动合同合规建议：员工在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到保障。老板在制定劳动合同时也应遵守相关法律法规，确保合同的合法性和有效性。

4. 潜在的法律风险：

   • 如果老板利用这种安排来规避法律责任：例如，通过分开签订合同和发放工资来规避对员工的法定责任（如支付加班费、提供社会保险等），那么这种行为可能构成违法，员工有权向相关部门投诉或寻求法律救济。
   • 法律风险防范建议：员工应保留好与两家公司相关的所有证据（如劳动合同、工资条、工作记录等），以便在需要时证明自己的权益。老板也应遵守法律法规，不要试图通过不正当手段来规避法律责任。

总结与建议：老板名下有两家公司且工资分开两部分发放、劳动合同分开签订的情况确实可能存在问题。为了保障自己的权益，员工应关注税务申报、社保缴纳以及劳动合同的合规性等方面的问题。如果发现任何不合规的情况或潜在的法律风险，应及时向相关部门投诉或寻求法律救济。同时，老板也应确保公司的运营合规，避免不必要的法律纠纷。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。