员工与公司及下面分公司签订的两份合同，在符合法定条件的情况下，都是有效的。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同效力的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为（包括签订合同）在满足以下条件时具有法律效力：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。若员工与公司及分公司签订的两份合同均满足这些条件，则两份合同均有效。

2. 公司与分公司的法律关系：

   • 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，但其可以在总公司的授权范围内从事经营活动。因此，分公司以自己的名义签订的合同，在总公司授权范围内且不违反法律法规的情况下，是有效的。员工与分公司签订的合同，若符合上述条件，同样具有法律效力。

3. 两份合同可能存在的情形及效力分析：

   • 情形一：两份合同内容不冲突且均合法：
     • 若员工与公司及分公司签订的两份合同内容不冲突，且均符合法律法规的规定，那么这两份合同都是有效的。例如，员工与公司签订的是劳动合同，约定了基本的工作内容和薪酬；与分公司签订的是补充协议，约定了具体的工作地点或额外福利等。
   • 情形二：两份合同内容存在冲突：
     • 若两份合同内容存在冲突，如对同一事项（如薪酬、工作时间等）有不同的约定，那么需要根据具体情况来判断哪份合同具有优先效力。一般来说，后签订的合同可能会被视为对前合同的修改或补充，但具体还需根据合同条款、双方意图及法律法规来判断。
   • 情形三：其中一份合同存在无效情形：
     • 若其中一份合同存在无效情形（如违反法律法规的强制性规定、欺诈、胁迫等），那么该份合同自始无效。但另一份合同若符合法定条件，则仍然有效。

4. 法律建议：

   • 审查合同条款：员工在签订合同时，应仔细审查合同条款，确保合同内容合法、明确且无冲突。
   • 保留证据：员工应妥善保管与合同相关的证据（如签订合同的过程记录、合同文本等），以便在争议发生时证明自己的权益。
   • 及时咨询：若员工对合同的效力或内容存在疑问，应及时咨询专业律师，以避免潜在的法律风险。

总结来说，员工与公司及下面分公司签订的两份合同，在符合法定条件且内容不冲突的情况下，都是有效的。但若存在内容冲突或其中一份合同存在无效情形，则需根据具体情况来判断合同的效力。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。