员工签的两份合同都由自己拿着，并不直接决定合同的有效性。合同的有效性主要取决于合同的内容是否合法、双方是否具备签订合同的资格、是否遵循了法定程序以及双方的真实意愿等因素，而非合同的物理持有状态。下面我将从不同角度为您详细分析：

1. 合同形式与持有

• 合同形式：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。书面合同是常见的形式，它要求合同内容以文字形式记录下来，并由双方签字或盖章确认。但合同的持有状态（即谁拿着合同）并不是判断合同是否有效的关键因素。
• 合同持有：员工持有两份合同，并不意味着合同就无效。关键在于合同的内容是否真实反映了双方的意愿，以及是否符合法律法规的规定。如果合同内容合法、双方自愿签订，并且已经按照法定程序进行了确认（如签字、盖章等），那么无论合同由谁持有，都是有效的。

2. 合同签订程序

• 签订过程：合同的签订过程应当遵循法定程序，包括双方协商、拟定合同条款、签字或盖章确认等。在这个过程中，如果员工将两份合同都拿走，但并未影响合同的签订程序（即双方已经就合同内容达成一致，并完成了签字或盖章等确认手续），那么合同仍然是有效的。
• 证据留存：虽然合同的持有状态不影响其有效性，但为了保障双方的权益，建议双方各自留存一份合同原件作为证据。这样，在发生争议时，可以更容易地证明合同的内容和双方的约定。

3. 潜在风险与建议

• 潜在风险：如果员工将两份合同都拿走，并且拒绝提供给公司一份，这可能会给公司带来一定的风险。例如，在发生争议时，公司可能难以证明合同的内容和双方的约定，从而处于不利地位。
• 建议：为了避免潜在的风险，建议公司在签订合同时，明确要求双方各自留存一份合同原件。如果员工拒绝提供，公司可以考虑在合同中约定相关的违约责任或采取其他法律措施来保障自己的权益。

4. 特殊情况下的处理

• 如果合同未生效或存在瑕疵：如果合同因为内容违法、双方不具备签订资格、未遵循法定程序等原因而未生效或存在瑕疵，那么无论合同由谁持有，都是无效的。在这种情况下，双方应当协商解决或寻求法律途径来维护自己的权益。
• 如果员工利用合同进行不当行为：如果员工利用自己持有的合同进行不当行为（如篡改合同内容、利用合同进行欺诈等），那么公司应当及时采取措施来维护自己的权益，包括向公安机关报案、寻求法律援助等。

总结来看，员工签的两份合同都由自己拿着，并不直接决定合同的有效性。关键在于合同的内容是否合法、双方是否具备签订合同的资格、是否遵循了法定程序以及双方的真实意愿等因素。如果您在合同签订或持有过程中遇到任何问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。