结论：在仲裁裁决公司继续履行劳动合同的情况下，若公司在仲裁裁决中注销，劳动者仍可通过法律途径维护自身权益，具体可从以下几个角度处理：
一、明确公司注销后的责任承担主体
清算责任：
- 根据《中华人民共和国公司法》第一百八十九条第三款，若公司在劳动仲裁期间或之前已启动注销程序但未依法通知债权人（包括劳动者），清算组需对未清偿的债务承担责任。这意味着，如果公司注销时未妥善处理与你的劳动合同纠纷，清算组成员可能需要承担赔偿责任。
股东连带责任：
- 若公司未经合法清算即办理注销登记，导致无法进行正常仲裁程序，股东可能需对公司存续期间的债务承担连带清偿责任。这为你提供了向股东追偿的可能性。
权利义务承继者：
- 若公司合并、分立或资产转移至其他主体，原公司的劳动争议责任由承继其权利和义务的新主体承担。如果公司注销后其资产或业务被其他公司接管，你可以向新主体主张权利。
二、采取具体应对措施
追加当事人：
- 在仲裁委受理案件后，若发现公司作为被申请人已注销，可依据《劳动人事争议仲裁办案规则》第六条申请追加清算组成员、股东或其他责任主体为当事人。你需要提交工商登记信息、清算报告等证据证明责任主体的关联性。
向相关责任人主张权利：
- 若公司已注销且存在清算瑕疵，如未依法通知债权人或未妥善处理债务，你可直接以清算组成员、股东为被告向法院提起诉讼，要求赔偿工资、经济补偿金等损失。法律依据为《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第十一条、第十九条。
申请财产保全：
- 发现公司有转移财产迹象时，为防止资产流失影响后续执行，你可立即向法院申请保全措施。这有助于确保在胜诉后能够顺利执行判决。
刑事救济途径：
- 若公司恶意注销逃避债务构成拒不支付劳动报酬罪，你可向公安机关报案追究刑事责任。这虽然是一种较为严厉的措施，但在某些情况下可能是必要的。
三、注意事项
时效要求：
- 劳动争议仲裁需在知道权利被侵害之日起一年内提出，公司注销不影响该时效计算。因此，你需要及时采取法律行动，以免错过时效期限。
证据收集：
- 重点保存劳动合同、工资流水、社保记录等基础证据，同时调取工商档案中的注销文件、清算报告等材料。这些证据将有助于你证明自己的权益和责任主体的关联性。
执行风险防控：
- 即使胜诉，若责任主体无履行能力仍需通过财产线索调查、参与分配等方式保障债权实现。因此，在采取法律行动前，你需要对责任主体的财产状况进行一定的了解和分析。
进一步思考：在处理此类案件时，你可能会遇到各种复杂情况，如清算组成员难以确定、股东逃避责任等。因此，我建议你保持冷静，积极收集证据，并在必要时寻求专业法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。