针对您提出的“有仲裁条款但公司注销了怎么处理”的问题，这是一个涉及法律程序和权益保障的重要议题。以下是我为您提供的详细分析和建议：
一、核心结论
公司注销并不意味着仲裁条款失效或您的权益无法得到保障。关键在于准确确定责任承担主体，并根据公司注销的具体情况和仲裁的进展，灵活调整仲裁程序或采取其他法律措施来维护您的权益。
二、责任承担主体的确定
公司注销前的清算情况：
- 若公司注销前已依法进行清算，并明确了债权债务处理方案，您应首先查看清算报告，了解责任承担主体。若清算报告中约定由股东或其他主体承担剩余债务，则仲裁裁决的责任可能转由这些主体承担。
- 若公司未经依法清算即办理注销登记，您有权主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。在仲裁或后续法律程序中，这些主体将被追加为责任承担者。
公司注销的原因和方式：
- 若公司因合并或分立而注销，根据《公司法》规定，合并后的公司或分立后承受原公司权利义务的公司应继续履行原公司的法律责任，成为仲裁中的责任承担主体。
- 若公司因破产等原因注销，并已进行破产清算，您可能需根据破产法的相关规定处理仲裁事项，如申报债权等。
三、仲裁程序的推进
已启动仲裁程序：
- 若在公司注销前已启动仲裁程序，您应及时向仲裁机构说明公司注销情况，并提供相关证据材料。仲裁机构会根据具体情况决定是否继续仲裁程序，并可能允许将仲裁请求变更为针对公司清算组、股东或其他责任承担主体的请求。
- 在仲裁过程中，您应积极配合仲裁机构的工作，提供必要的证据和材料，以支持您的仲裁请求。
尚未启动仲裁程序：
- 若在公司注销后才发现权益受损，想申请仲裁，您应首先确定责任承担主体。在明确责任主体后，可向仲裁机构提出仲裁申请，并详细说明公司注销情况及责任承担主体信息。
- 申请仲裁时，您应提交充分证据支持您的仲裁请求，如合同、交易记录、公司注销公告等。
四、其他法律措施
向法院申请追加被执行人：
- 若仲裁裁决已作出，但公司已注销且无法执行，您可向法院申请追加相关责任主体为被执行人，通过执行程序实现您的权益。
向工商行政管理部门反映：
- 若您认为公司注销过程中存在违法行为，如未依法清算即注销等，您可向工商行政管理部门反映情况。工商部门有权对违法注销行为进行调查和处理，并可能责令恢复公司登记或采取其他行政措施。
五、操作建议
- 在处理此类问题时，建议您保持冷静并及时收集与公司注销相关的证据材料，如公司注销公告、清算报告、股东会决议等。
- 考虑到法律程序的复杂性和专业性，建议您咨询专业律师或法律机构以获取更具体的法律建议和帮助。他们可以根据您的具体情况提供个性化的解决方案，并协助您完成相关法律程序。
综上所述，虽然公司注销可能给仲裁程序带来一定挑战，但通过准确确定责任承担主体、灵活调整仲裁程序或采取其他法律措施，您仍然可以有效维护自己的合法权益。