结论前置：职务侵占后即使已经协商处理，司法机关仍可依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任，但协商处理的相关情况可能在量刑时被考虑。
详细分析：
职务侵占罪的公诉性质：
- 职务侵占罪是公诉案件，由人民检察院代表国家提起公诉。这意味着，即使被害单位与犯罪嫌疑人就职务侵占的财物返还、赔偿等事项达成了协议，这并不能阻止司法机关对犯罪行为的刑事立案、侦查、起诉和审判。因为公诉案件的举证责任在公诉机关，不受当事人和解的影响。
协商处理对刑事责任的影响：
- 协商处理，如退赃退赔、取得谅解等，虽然不能直接免除刑事责任，但在量刑阶段可能会作为从轻处罚的情节被考虑。例如，如果犯罪嫌疑人在案发后积极退还侵占的财物，并取得了被害单位的谅解，这通常会被视为有一定的悔罪表现，从而在量刑时可能酌情从轻判处刑罚，甚至在符合条件的情况下适用缓刑。
协议的有效性与司法实践：
- 协议的有效性取决于其内容是否合法、是否自愿达成等因素。若协议是在司法机关介入调查之前达成，且内容合法有效，可能对案件的最终处理有一定影响，但并不足以免除刑事责任。司法机关在介入调查后，会依法独立行使职权，不受当事人之间协议的影响。
特殊情形的考量：
- 在某些特殊情形下，如犯罪情节显著轻微、危害不大等，依据刑法的相关规定，可能不被认为是犯罪。例如，如果侵占财物数额刚达到立案标准，且犯罪嫌疑人在发现错误后及时主动归还财物，没有给单位造成实际损失，并取得了单位的谅解，这种情况下有可能被认定为情节显著轻微而不构成犯罪。但这种情况较为罕见，且需要严格符合法律规定的条件。
法律建议：
- 如果你或你身边的人涉嫌职务侵占罪，即使已经与被害单位达成了协商处理协议，也建议尽快咨询专业律师（即我，胡少飞律师），了解具体的法律后果和可能的辩护策略。
- 在协商处理过程中，务必确保协议内容合法、自愿，并保留好相关证据，以便在后续的法律程序中维护自己的合法权益。
- 面对司法机关的调查和审判，应积极配合，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚的机会。
可能法律后果：
- 如果被认定构成职务侵占罪，将可能面临三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，将可能面临三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，将可能面临十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
- 但如果存在从轻或减轻处罚的情节，如积极退赃退赔、取得谅解等，可能会在上述量刑幅度内酌情从轻判处。
总之，职务侵占后即使已经协商处理，也不能完全免除刑事责任。面对此类法律问题，建议及时向我咨询，以便获取更具体、更专业的法律意见和指导。