结论：是否能赢官司取决于多个因素，包括公司差旅费报销政策是否合法、员工是否知晓并同意该政策、员工未在规定时间内提交报销申请的原因等。以下是对这些因素的详细分析：

一、公司差旅费报销政策的合法性

1. 政策制定程序：公司差旅费报销政策应当经过合法程序制定，如经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。如果政策制定程序不合法，可能影响其效力。

2. 政策内容合法性：政策内容应当符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定。例如，政策中规定的“超过3个月没提交就不报销”是否合理，是否侵犯了员工的合法权益，这是需要考虑的关键点。如果该规定过于苛刻，可能被视为无效条款。

二、员工对政策的知晓与同意

1. 员工知晓情况：员工是否知晓公司的差旅费报销政策，特别是关于报销期限的规定。如果员工不知晓该政策，或者公司未以合理方式告知员工，那么员工可能因不知情而错过报销期限，此时公司拒绝报销可能缺乏合理性。

2. 员工同意情况：员工是否同意公司的差旅费报销政策，包括报销期限的规定。如果员工在入职时或政策变更时未明确表示同意，或者公司未给予员工充分的考虑和协商机会，那么员工可能对政策的有效性提出质疑。

三、员工未在规定时间内提交报销申请的原因

1. 合理原因：如果员工因合理原因（如生病、出差在外无法及时提交等）未能在规定时间内提交报销申请，且能够提供相应证据证明，那么公司拒绝报销可能缺乏合理性。

2. 无合理原因：如果员工无正当理由未能在规定时间内提交报销申请，那么公司拒绝报销可能具有合理性。但即便如此，公司也应考虑是否给予员工一定的宽限期或补救机会。

四、法律建议与可能后果

1. 法律建议：

   • 与公司协商：首先尝试与公司协商解决，看是否能够达成一致意见，如延长报销期限或给予部分报销等。
   • 收集证据：如果协商无果，员工应收集相关证据（如差旅费发票、出差记录、公司政策文件等），以证明自己的报销请求合理且符合公司政策。
   • 寻求法律援助：在必要时，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以了解自己的权益和可能的法律途径。

2. 可能后果：

   • 如果政策合法且员工同意：如果公司的差旅费报销政策合法且员工同意，那么员工未在规定时间内提交报销申请可能被视为放弃报销权利，公司拒绝报销可能得到法律支持。
   • 如果政策不合法或员工不知情/不同意：如果公司的差旅费报销政策不合法或员工不知情/不同意，那么员工有权要求公司报销差旅费，并可能通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，是否能赢官司取决于多个因素的综合考量。如果你面临此类问题，建议直接向我咨询，提供更详细的情况和证据，以便我能为你提供更具体的法律建议。