结论：在建设工程合同中，若双方明确约定了纠纷解决方式为仲裁，且该仲裁条款符合法律法规的要求，那么该仲裁条款是有效的，能够对抗法院的管辖，即双方应通过仲裁方式解决纠纷，而非诉讼。

一、法律依据与解析

1. 《中华人民共和国仲裁法》的相关规定

   • 第二条：明确规定了平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。建设工程施工合同纠纷作为平等民事主体间的合同纠纷，明确属于可仲裁范围。
   • 第三条：界定了不能仲裁的纠纷类型，如婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷以及依法应当由行政机关处理的行政争议等。建设工程施工合同纠纷并不包含在内，因此具备仲裁的法律基础。
   • 第四条：强调了仲裁的自愿原则，即双方当事人需通过仲裁协议或合同中的仲裁条款明确表示选择仲裁作为纠纷解决方式。

2. 《中华人民共和国民事诉讼法》的补充支持

   • 第一百二十七条：规定若双方当事人达成书面仲裁协议并选择仲裁解决纠纷，则不得向人民法院起诉。这一条款从程序上确认了仲裁作为合同纠纷解决方式的合法性，进一步支持了仲裁条款的有效性。

二、仲裁条款的有效性要素

为了确保仲裁条款的有效性，双方当事人在约定仲裁条款时，应确保包含以下要素：

1. 请求仲裁的意思表示：双方应明确表示愿意将纠纷提交仲裁解决，避免使用模糊或歧义的语言。
2. 明确的仲裁事项：仲裁条款应详细列出可仲裁的事项范围，如合同的履行、解释、变更、解除等，以确保仲裁机构能够明确其管辖范围。
3. 选定的仲裁机构：必须明确具体的仲裁机构名称，如“中国国际经济贸易仲裁委员会”或“北京仲裁委员会”等，以确保仲裁条款的可执行性。若仲裁机构约定不明确，可能导致仲裁条款无效。

三、仲裁条款与法院管辖的协调

尽管《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条规定了建设工程施工合同纠纷等应按照不动产纠纷确定管辖，但这并不排斥仲裁的适用性。只要双方在合同中明确约定了有效的仲裁条款，即可选择仲裁作为纠纷解决途径，排除法院的管辖。这是因为有效的仲裁协议具有排除法院管辖的法律效力，是双方当事人自愿选择的结果。

四、实际操作中的注意事项

1. 谨慎约定仲裁条款：当事人在订立建设工程合同时，应自愿并明确地约定仲裁条款，包括仲裁机构、仲裁规则等具体内容。避免使用模糊或歧义的语言，以确保仲裁条款的有效性。
2. 了解仲裁特性：仲裁通常具有高效、专业、相对灵活的特点，但也可能存在费用较高、程序相对复杂等风险。当事人在选择仲裁作为纠纷解决方式时，应充分了解其特性和潜在风险，以便做出明智的决策。
3. 保留相关证据：在仲裁过程中，当事人应保留好与纠纷相关的所有证据，以便在仲裁机构需要时提供。这有助于加快仲裁进程，提高仲裁效率。

五、法律后果

若双方在建设工程合同中明确约定了有效的仲裁条款，且一方违反该条款向法院起诉，另一方有权提出管辖权异议，要求法院驳回起诉。法院在审查后，若认为仲裁条款有效，通常会尊重当事人的选择，引导纠纷至仲裁机构处理。这有助于维护仲裁条款的权威性和有效性，促进纠纷的快速解决。

综上所述，建设工程合同中若约定纠纷解决方式为仲裁，且该仲裁条款符合法律法规的要求，那么该仲裁条款是有效的，能够对抗法院的管辖。当事人在约定仲裁条款时应谨慎考虑并确保其有效性和明确性，以避免潜在的管辖争议和法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。