行政复议机关责令被告依据补偿协议书依法处理，其性质一般应认定为复议机关改变了原行政行为，而非维持原行政行为。以下从不同角度进行分析：

1. 行政复议改变原行政行为的情形：

   • 根据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，行政复议机关在审查具体行政行为时，如果认为该行为违法或不当，有权作出变更、撤销或责令重新作出具体行政行为的决定。当行政复议机关责令被告依据补偿协议书依法处理时，这实际上是对原行政行为的一种改变，因为它要求被告按照新的标准或方式（即补偿协议书）来处理相关事务。
   • 在这种情况下，复议机关的决定对原行政行为的合法性、合理性或执行方式进行了实质性的调整，因此应视为改变了原行政行为。

2. 行政复议维持原行政行为的情形对比：

   • 维持原行政行为通常意味着复议机关认为原行政行为合法、合理，且无需进行任何实质性的改变。复议机关可能会确认原行政行为的效力，或者驳回申请人的复议请求。
   • 在本题中，由于复议机关明确责令被告依据补偿协议书依法处理，这显然不是对原行政行为的简单确认或驳回，而是对其进行了实质性的调整或改变。

3. 法律后果与救济途径：

   • 当行政复议机关改变原行政行为时，申请人（即原行政行为的相对人）如果对该复议决定不服，可以依法向人民法院提起行政诉讼。此时，被告应为作出复议决定的行政复议机关。
   • 如果复议机关维持了原行政行为，申请人则可以选择以原行政机关和复议机关为共同被告提起行政诉讼。但在本题所述情形下，由于复议机关已经改变了原行政行为，因此这一救济途径不再适用。

建议：

• 对于涉及行政复议的案件，当事人应仔细审查复议决定的内容，明确复议机关是否改变了原行政行为。
• 如果复议机关改变了原行政行为，且当事人对该决定不服，应及时向人民法院提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
• 在整个过程中，建议当事人咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议和指导。

如有任何进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。