结论：单位每月扣除部分工资用于年度考核奖金是否合法，需分情况讨论，主要取决于是否符合劳动合同的约定、是否经过民主程序制定并公示的规章制度以及是否符合相关法律法规的规定。
分析如下：
劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致的原则订立劳动合同。劳动合同中应明确约定劳动报酬、工作时间、休息休假等关键条款。
- 如果劳动合同中明确约定了工资的构成，包括基本工资和年度考核奖金，且年度考核奖金的发放方式（如每月扣除部分工资作为预留，年底根据考核结果发放）也得到了劳动者的明确同意，那么这种做法通常是合法的。
规章制度的制定与公示：
- 用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 规章制度制定后，应当进行公示或者告知劳动者，以确保劳动者知晓并同意。如果单位有经过民主程序制定并公示的规章制度，且该规章制度中明确规定了每月扣除部分工资用于年度考核奖金的做法，且该做法不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法也是合法的。
法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“克扣”是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资（即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬）。
- 如果单位每月扣除部分工资用于年度考核奖金的做法，实际上构成了对劳动者工资的克扣，且没有合法依据（如劳动合同约定、规章制度规定等），或者扣除的比例过高、方式不合理，损害了劳动者的合法权益，那么这种做法就是违法的。
建议：
- 对于劳动者而言，如果发现单位存在每月扣除部分工资用于年度考核奖金的做法，且对此有疑问或不满，首先应当查看自己的劳动合同和单位的规章制度，了解该做法是否有合法依据。
- 如果认为该做法违法或不合理，可以与单位进行协商，要求单位改正或给予合理解释。如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于单位而言，如果希望采用每月扣除部分工资用于年度考核奖金的做法，应当确保该做法符合劳动合同的约定、经过民主程序制定并公示的规章制度以及相关法律法规的规定，以避免引发劳动纠纷和法律风险。
示例：
假设某单位与劳动者签订的劳动合同中明确约定了工资构成包括基本工资和年度考核奖金，且年度考核奖金的发放方式为每月扣除基本工资的10%作为预留，年底根据考核结果发放。同时，该单位也制定了经过民主程序制定并公示的规章制度，其中也明确规定了这一做法。在这种情况下，该单位每月扣除部分工资用于年度考核奖金的做法就是合法的。