结论：公司仅通过照片认定员工睡觉并扣工资，这一做法是否合法不能一概而论，需结合具体情况分析。

分析如下：

1. 公司规章制度的角度：

   • 公司若要在员工违反规定时进行处罚（如扣工资），首先需有明确、合理的规章制度，并且这些规章制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），同时需向员工公示或告知。
   • 如果公司的规章制度中明确规定了“在工作时间睡觉属于严重违反公司纪律的行为，公司将视情节轻重给予警告、罚款或解除劳动合同等处罚”，并且这一规定已经向员工公示或告知，那么公司基于照片认定员工睡觉并依据此规定扣工资，在程序上可能是合法的。

2. 证据充分性的角度：

   • 照片作为证据，其证明力取决于照片的真实性、关联性和合法性。公司需确保照片是真实拍摄的，与员工睡觉的事实直接相关，且拍摄过程未侵犯员工的合法权益（如隐私权）。
   • 如果照片清晰、无争议地显示了员工在工作时间睡觉，且公司能证明照片的真实性和拍摄过程的合法性，那么照片可以作为认定员工违规的有效证据。但如果照片模糊、有争议或拍摄过程存在违法情形，那么照片的证明力将受到质疑。

3. 处罚合理性的角度：

   • 即使公司有明确的规章制度和充分的证据，处罚的合理性也是需要考虑的因素。扣工资作为一种经济处罚，其金额需合理，不能过分高于员工违规所造成的损失或影响。
   • 如果公司扣工资的金额过高或与员工违规的情节不相称，那么这种处罚可能被视为不合理或过度，从而引发劳动争议。

4. 法律程序的角度：

   • 公司在对员工进行处罚前，应给予员工陈述和申辩的机会，确保处罚决定的公正性和合理性。如果公司未履行这一程序而直接扣工资，可能违反法定程序，导致处罚决定被撤销或变更。

建议：

• 对于员工而言，如果认为公司的处罚决定不合理或违法，可以与公司进行沟通协商，要求公司提供充分的证据和合理的解释。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，在制定和执行规章制度时，应确保规章制度的合法性和合理性，充分保障员工的合法权益。同时，在处罚员工时，应遵循法定程序，确保处罚决定的公正性和合理性。

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