结论：公司因员工上班打瞌睡而扣工资的做法，并不一定合法，具体需结合实际情况及相关法律法规来判断。
分析角度一：公司规章制度
规章制度合法性：首先，需要查看公司的规章制度中是否有明确规定员工上班打瞌睡属于违纪行为，并且明确规定了相应的处罚措施，包括扣工资。如果规章制度中确实有此规定，并且该规章制度是经过民主程序制定、公示或告知员工的，那么该规定在程序上是合法的。
规章制度合理性：然而，即使规章制度中有此规定，也需要考虑其合理性。扣工资作为一种处罚措施，应当与违纪行为的严重程度相匹配。如果上班打瞌睡并未对公司造成重大损失或影响，且是偶尔发生，那么扣工资可能显得过于严厉，缺乏合理性。
分析角度二：法律法规依据
工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣。除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，且用人单位按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，或者经劳动者同意，用人单位可以从劳动者工资中扣除赔偿费用。但即便如此，扣除的部分也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
违纪行为处理：对于员工的违纪行为，用人单位应当依据规章制度进行处理，但处理方式应当合法、合理。如果上班打瞌睡并未构成严重违纪，且未给公司造成实际损失，那么公司直接扣工资可能缺乏法律依据。
分析角度三：实际操作建议
与公司沟通：如果员工认为公司扣工资的做法不合法或不合理，首先可以尝试与公司进行沟通，了解扣工资的具体原因和依据，并表达自己的观点和诉求。
申请劳动仲裁：如果沟通无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司撤销不合理的扣工资决定，并补发被扣的工资。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据证明自己的观点和诉求。
寻求法律援助：如果员工在劳动仲裁过程中遇到困难或需要法律帮助，可以寻求专业律师的法律援助，以便更好地维护自己的合法权益。
总结与建议：
公司因员工上班打瞌睡而扣工资的做法并不一定合法。在处理此类问题时，建议员工首先查看公司的规章制度，了解相关规定和处罚措施；同时，也可以咨询专业律师或当地劳动仲裁机构，了解自己的权益和维权途径。如果公司扣工资的做法确实不合法或不合理，员工应当积极维护自己的合法权益，通过沟通、申请劳动仲裁或寻求法律援助等方式来解决问题。