结论是：自离厂里扣一千多的工资是否合理，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来判断。以下从几个角度为你详细分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度
如果劳动合同或公司的规章制度中明确规定了自离（即未按照正常程序离职）需要扣除一定金额的工资作为违约金或赔偿金，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除工资的行为在一定程度上可能是合理的。但扣除的金额必须合理，不能随意设定。一千多元的扣除是否合理，要看这一金额是否与你的实际损失相当，或者是否符合劳动合同和规章制度中的约定。
二、从法律法规的角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。除非是因为劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
计算公式示例： 假设你当月工资为5000元，因自离给公司造成损失，公司要求你赔偿。按照法律规定，公司每月最多只能扣除你工资的20%，即5000元 * 20% = 1000元。但如果扣除后你的工资低于当地最低工资标准（假设为2000元），则公司只能扣除你3000元（5000元 - 2000元）中的部分，且具体扣除金额还需根据实际损失情况来确定，不能直接扣除1000元（若实际损失小于此数）或更多（若扣除后工资低于最低工资标准）。
三、从实际操作的角度
在实际操作中，即使劳动合同或规章制度中有相关规定，公司也不能随意扣除工资。如果公司扣除的工资金额过高或没有合法依据，你可以通过以下途径维护自己的权益：
建议：在离职时，最好按照公司的正常程序办理离职手续，以避免不必要的纠纷。如果确实需要自离，也建议提前与公司沟通并说明情况，尽量达成一致意见，以减少后续可能出现的麻烦。
如果你有更具体的情况或疑问，比如劳动合同中的具体条款、公司的规章制度内容等，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。