结论：厂里因员工自离而扣工资是否合法，主要取决于自离行为是否给用人单位造成了实际损失，以及用人单位在扣除工资时是否遵循了法定程序和限额规定。

一、自离与工资支付的基本原则

劳动者有取得劳动报酬的权利，这是法律赋予的基本权益。员工自离虽然可能违反了劳动合同中关于离职程序的规定，但并不意味着用人单位可以随意克扣其工资。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，除非有合法理由，否则用人单位不得无故克扣。

二、合法扣工资的情况

1. 造成实际损失：

   • 如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际损失，如因未完成工作交接导致业务中断、数据丢失等，用人单位有权要求员工赔偿。这种赔偿应通过合法合理的方式进行，如按照双方事先的约定或依据实际损失情况来确定赔偿金额。
   • 扣除限额与最低工资标准：在扣除赔偿金时，用人单位需遵守以下规定：
     • 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
     • 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。

2. 违反服务期或竞业限制约定：

   • 若用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并与其订立了服务期协议，而劳动者在服务期内自离，违反了服务期约定，那么劳动者应当按照约定向用人单位支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守商业秘密和与知识产权相关的保密事项，并约定竞业限制条款。若劳动者离职后违反了竞业限制约定，用人单位有权要求其支付违约金，并从工资中扣除相应金额，同样需遵守上述扣除限额和最低工资标准的规定。

三、不合法扣工资的情况

如果劳动者自离并未对用人单位造成实际损失，或者虽然造成了损失但用人单位未按照法定程序和限额进行扣除，那么用人单位的扣工资行为是不合法的。在这种情况下，劳动者有权要求用人单位足额支付工资。

四、维权途径

如果用人单位无故克扣工资，劳动者可以通过以下途径来维护自身权益：

1. 协商：首先尝试与用人单位进行协商，要求足额支付工资。
2. 投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令用人单位改正。
3. 仲裁与诉讼：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

五、其他注意事项

无论员工是否自离，公司都应支付员工已提供劳动部分的工资。即如果员工在离职前已经为公司工作了一段时间，公司应该按照员工实际出勤的天数支付工资。

总结：自离扣工资并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况来判断。劳动者和用人单位在处理此类问题时，都应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。如果您在遭遇此类问题时，有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。