若父母去世后留有在不同银行的存款且每笔都超过五万元，其遗产处理方式如下：
确定继承权与继承方式
首先需明确父母是否留有合法有效的遗嘱。若存在遗嘱，则按遗嘱内容分配遗产；若无遗嘱，则按法定继承顺序处理（第一顺序为配偶、子女、父母）。所有继承人需协商一致或通过法律程序确认继承权，例如通过公证或诉讼方式取得继承权公证书或法院判决书。
办理继承权公证或诉讼程序
- 公证方式：所有继承人需共同到公证处办理继承权公证，提交父母死亡证明、亲属关系证明、存款凭证等材料。公证处会核实继承权并出具公证书，明确各继承人应继承的份额。
- 诉讼方式：若继承人之间存在争议（如对遗嘱效力、继承份额有分歧），需向法院提起继承纠纷诉讼。法院判决后，继承人可凭判决书办理遗产过户。
- 分银行办理存款支取或过户
- 同一继承人继承全部存款：若某一继承人继承所有存款，需持继承权公证书（或判决书）、本人身份证、父母死亡证明、存款凭证等材料，分别到各银行办理支取或过户手续。
- 多名继承人按份额继承：若存款由多名继承人按份额继承，需先协商分配方案（如按比例分割或由一人继承并补偿其他继承人）。协商一致后，继承人可共同到银行办理支取，或通过公证/诉讼明确分配方案后再办理。
- 特殊情况处理
- 存款密码未知或存折丢失：银行通常要求继承人提供继承权证明文件后，方可办理密码重置或挂失补办。
- 银行要求额外材料：部分银行可能要求提供父母婚姻状况证明、其他继承人放弃继承声明等材料，需提前与银行沟通确认。
- 存款涉及债务或税费：若父母生前有未清偿债务或遗产需缴纳税费（如遗产税，目前中国未开征但需关注政策变化），继承人需先清偿债务或税费后再分配遗产。
温馨提示：
- 继承程序可能因地区或银行政策略有差异，建议提前联系银行或公证处确认具体要求。
- 若涉及大额遗产或复杂家庭关系（如再婚、非婚生子女等），建议优先通过公证或诉讼方式明确继承权，避免后续纠纷。
如有其他细节问题（如具体材料清单、公证流程等），可进一步向我咨询。