机关单位合同工司机醉驾，将面临行政处罚、刑事责任追究以及单位内部处理三方面后果，具体如下：
行政处罚层面：根据《道路交通安全法》规定，醉酒驾驶机动车的，由公安机关交通管理部门约束至酒醒，吊销机动车驾驶证，依法追究刑事责任；五年内不得重新取得机动车驾驶证。这是对醉驾行为最直接的行政处罚，旨在通过吊销驾照、限制重新取得驾照等方式，对醉驾者进行惩戒，并预防其再次实施危险驾驶行为。
刑事责任层面：醉驾行为若构成危险驾驶罪，将面临拘役，并处罚金。拘役的期限通常为一个月以上六个月以下，具体刑期由法院根据醉驾的情节严重程度、是否造成事故及后果等因素综合判定。罚金数额则根据醉驾者的经济状况、犯罪情节等因素确定。这一层面的处理，体现了法律对醉驾行为的严厉打击态度，旨在通过刑事处罚，维护公共安全和社会秩序。
单位内部处理层面：作为机关单位的合同工司机，醉驾行为还可能引发单位内部的纪律处分。单位可能依据内部规章制度，对醉驾者进行警告、记过、降级、撤职甚至解除劳动合同等处理。这些处理措施旨在维护单位的形象和声誉，确保员工遵守法律法规和单位规章制度，同时也是对其他员工的警示和教育。
建议：对于机关单位合同工司机而言，应严格遵守交通法规，杜绝酒后驾车行为。一旦发生醉驾，应积极配合公安机关的调查处理，主动承担法律责任，并尽快向单位报告情况，接受单位的内部处理。同时，也可以寻求专业法律帮助，了解自身权益和义务，以便更好地应对后续的法律程序和单位处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。