货运站欠运费5万扣货的行为是否违法，需分情况讨论：
若双方合同中有明确约定：
- 法律分析：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。如果货运站与托运方（或货主）在运输合同中明确约定了“在运费未支付的情况下，货运站有权扣留货物直至运费付清”的条款，并且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该条款是有效的。
- 结论：在此情况下，货运站扣货的行为不违法，但应确保扣货行为在合理范围内，且不得损害货物的价值或造成其他不必要的损失。
若双方合同中无明确约定：
- 法律分析：在没有合同约定的情况下，货运站无权擅自扣留货物。根据《中华人民共和国民法典》中关于物权和债权的规定，货物的所有权属于托运方（或货主），货运站仅享有基于运输合同产生的债权（即运费请求权）。货运站不能通过扣留货物的方式来行使债权，这种行为可能构成对托运方（或货主）物权的侵犯。
- 结论：在此情况下，货运站扣货的行为是违法的，托运方（或货主）有权要求货运站立即返还货物，并可能要求货运站承担因扣货造成的损失。
法律建议：
对于货运站：
- 在签订运输合同时，应明确约定运费支付方式、时间以及未支付运费时的处理方式，以避免纠纷的发生。
- 若托运方（或货主）未支付运费，应通过合法途径（如协商、诉讼等）来追讨运费，而非擅自扣留货物。
对于托运方（或货主）：
- 在签订运输合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于运费支付和货物处理的条款，确保自己的权益得到保障。
- 若货运站擅自扣留货物，应及时与货运站沟通协商，要求返还货物；若协商无果，可向法院提起诉讼或向相关部门投诉以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 若货运站扣货行为违法，可能面临返还货物、赔偿损失等民事责任；若情节严重，还可能构成犯罪（如侵占罪等），需承担刑事责任。
- 若托运方（或货主）因货运站扣货行为遭受损失，有权要求货运站进行赔偿，赔偿范围包括直接损失和间接损失等。
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