关于员工因眼睛疾病长期请假时工资如何发放的问题，这主要取决于员工的请假类型、医疗期规定以及公司的相关规章制度。以下是一些核心结论和详细解释：

1. 医疗期内的工资发放：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业应根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定期限的医疗期。
   • 在医疗期内，企业应按照不低于当地最低工资标准的80%支付员工病假工资或疾病救济费，具体比例可能因地区而异，需参照当地的具体规定。
   • 如果员工医疗期满后仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，企业可以按照相关规定解除劳动合同，但需支付经济补偿。

2. 请假类型与工资发放：

   • 如果员工请的是病假，且处于医疗期内，那么工资发放应遵循上述医疗期内的工资发放规定。
   • 如果员工请的是事假，那么企业通常不需要支付事假期间的工资，因为事假是员工因个人原因需要暂时离开工作岗位，企业无需承担支付工资的义务。
   • 如果员工请的是年假、探亲假等其他类型的假期，工资发放则应遵循相应的假期规定和公司规章制度。

3. 公司规章制度的影响：

   • 公司在制定规章制度时，可以明确规定员工在长期请假期间的工资发放标准和方式。
   • 如果公司的规章制度与法律法规相冲突，那么应以法律法规为准。
   • 员工在请假前应仔细阅读公司的规章制度，了解请假期间的工资发放情况。

4. 实际操作建议：

   • 员工在长期请假前，应与公司的人力资源部门或上级领导进行沟通，明确请假类型和工资发放情况。
   • 公司应建立健全的请假和工资发放制度，确保员工的合法权益得到保障。
   • 如果双方对工资发放存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。

总结来说，员工因眼睛疾病长期请假时，工资的发放主要取决于请假类型、医疗期规定以及公司的相关规章制度。在医疗期内，企业应按照不低于当地最低工资标准的80%支付员工病假工资或疾病救济费。如果双方对工资发放存在争议，建议通过合法途径解决。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。