结论：在起诉离婚且家中有两个孩子（其中一个残疾）的情况下，女方拒绝支付抚养费，这是不合法的。男方可以通过法律途径来维护孩子的合法权益，要求女方支付抚养费。
法律背景与解释：
抚养义务：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，父母对子女有抚养教育的义务。这种义务不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或母直接抚养，仍是父母双方的子女，父母对于子女仍有抚养和教育的权利和义务。因此，女方作为孩子的母亲，有义务支付抚养费。
抚养费的确定：抚养费的数额一般根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平来确定。对于残疾子女，由于其可能需要更多的医疗和康复费用，因此在确定抚养费时，应充分考虑这一特殊情况，确保残疾子女的生活和教育得到妥善安排。
法律后果：如果女方拒绝支付抚养费，男方可以向法院提起诉讼，要求女方支付抚养费。法院在审理此类案件时，会综合考虑子女的实际需要、父母的负担能力等因素，作出公正的判决。如果女方仍不履行判决，男方可以申请法院强制执行，通过法律手段来维护孩子的合法权益。
法律建议：
收集证据：男方在提起诉讼前，应收集相关证据，如孩子的医疗记录、康复费用单据、生活费用单据等，以证明孩子的实际需要和女方的抚养义务。
协商与调解：在提起诉讼前，男方可以尝试与女方进行协商或调解，寻求达成一致意见，以避免不必要的法律纠纷。如果协商或调解无果，再考虑提起诉讼。
寻求法律援助：如果男方在法律方面存在困惑或需要帮助，可以寻求专业的法律援助或咨询律师，以确保自己的权益得到妥善维护。
特殊情况考虑：
如果女方确实存在经济困难，无法支付抚养费，男方可以与女方协商降低抚养费数额或延长支付期限等解决方案。但这种情况需要女方提供充分的证据来证明其经济困难的真实性。
如果女方不仅拒绝支付抚养费，还对孩子进行虐待或遗弃等违法行为，男方应及时向公安机关报案，并寻求法律援助来保护孩子的安全和权益。
总之，女方拒绝支付抚养费是不合法的行为，男方可以通过法律途径来维护孩子的合法权益。在处理此类纠纷时，应充分考虑孩子的实际需要和父母的负担能力等因素，确保判决的公正性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。