结论：单位以现金发放部分工资，离职时拒绝承认该部分，劳动者完全可以申请劳动仲裁来追讨这部分拖欠的工资。
法律背景与依据：
实体法保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠。这意味着，无论工资是以银行转账还是现金形式发放，用人单位都有义务确保工资的足额支付。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也强调，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。若用人单位拖欠或未足额支付，劳动者有权依法维权。
程序法支持：
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条明确指出，因劳动报酬发生的争议属于劳动仲裁的受案范围。因此，劳动者在遭遇工资拖欠时，可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 该法第二十七条还规定了劳动仲裁的时效，确保劳动者在离职后一年内仍可申请仲裁追讨拖欠工资。
维权建议与步骤：
保留证据：
- 劳动者在申请劳动仲裁时，应尽可能保留与现金发放工资相关的证据，如工资条（如有）、同事证言（证明现金发放的事实）、工作记录（显示工作时长和应得工资）等。这些证据将有助于证明用人单位确实存在现金发放工资且未足额支付的情况。
及时申请仲裁：
- 劳动者应注意劳动仲裁的时效期，确保在离职后一年内提出仲裁申请。逾期申请可能会丧失维权机会。
了解仲裁程序：
- 劳动者可以事先了解劳动仲裁的程序和流程，包括如何提交仲裁申请、需要准备哪些材料、仲裁庭的组成和裁决方式等。这有助于劳动者在仲裁过程中更加从容和自信。
寻求法律帮助：
- 若劳动者对仲裁程序或法律条款不熟悉，可以寻求专业法律人士的帮助。作为专注于交通事故赔偿、工伤赔偿领域的律师，我可以为你提供详细的法律咨询和代理服务，确保你的维权过程顺利进行。
可能的法律后果：
- 若仲裁庭认定用人单位确实存在拖欠工资的行为，将裁决用人单位支付拖欠的工资报酬，并可能根据具体情况加付赔偿金。
- 若用人单位拒不执行仲裁裁决，劳动者还可以向人民法院申请强制执行，确保自己的合法权益得到切实保障。
进一步思考：
- 在实际操作中，现金发放工资往往存在难以证明的风险。因此，劳动者在接受现金发放时，应尽可能要求用人单位出具书面证明或签字确认，以降低未来维权的风险。
- 若用人单位长期以现金形式发放工资且未纳入税务申报，劳动者还可以考虑向税务部门举报，以维护国家税收秩序和自身合法权益。
总之，面对单位以现金发放部分工资且离职时拒绝承认的情况，劳动者应积极运用法律武器维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。