结论：能否仲裁赢取决于多个因素，包括补偿协议的合法性、有效性，公司亏损是否构成合法抗辩理由，以及您能否提供充分证据支持诉求等。以下从不同角度详细分析：
一、补偿协议的合法性与有效性
协议内容合法：如果补偿协议是双方真实意思表示，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该协议是合法有效的。这意味着，一旦公司不履行协议，您有权通过法律途径维护自己的权益。
协议签订程序合法：除了内容合法外，补偿协议的签订程序也需合法。例如，如果涉及公司重大决策，可能需要经过股东会或董事会的决议。如果签订程序存在瑕疵，可能会影响协议的效力。
二、公司亏损是否构成合法抗辩理由
一般原则：公司亏损本身并不构成不履行补偿协议的合法抗辩理由。除非协议中明确约定了公司亏损作为不履行或部分履行协议的条件，或者亏损导致公司确实无法履行协议（如破产清算等极端情况）。
特殊情况：如果公司亏损是由于不可抗力因素（如自然灾害、政策变化等）导致，且这些因素在签订协议时无法预见、无法避免且无法克服，那么公司可能可以主张免除或部分免除责任。但这种情况需要具体分析，且公司需承担举证责任。
三、仲裁赢的关键：证据充分性
协议证据：您需要提供补偿协议的原件或复印件作为证据，以证明双方之间存在合法有效的协议关系。
履行情况证据：如果公司已经部分履行了协议，您需要提供相关证据（如转账记录、收据等）以证明公司的履行情况。这有助于确定公司未履行的部分。
公司亏损证据：虽然公司亏损本身不构成合法抗辩理由，但如果您想主张公司亏损并非导致不履行协议的合理原因，或者公司亏损并未达到无法履行的程度，您可能需要提供相关证据（如公司财务报表、审计报告等）来支持您的主张。不过，这更多是公司需要承担的举证责任，用于反驳您关于公司应履行协议的主张。
其他相关证据：根据具体情况，您可能还需要提供其他相关证据来支持您的仲裁请求，如沟通记录、证人证言等。
四、仲裁流程与注意事项
仲裁申请：您需要向约定的仲裁机构提交仲裁申请，并附上相关证据材料。仲裁机构将审查您的申请并决定是否受理。
仲裁审理：一旦仲裁机构受理您的申请，将安排仲裁庭进行审理。在审理过程中，双方将有机会陈述自己的观点和提供证据。
仲裁裁决：仲裁庭将根据双方提供的证据和法律规定作出裁决。裁决是终局的，对双方均有约束力。
注意事项：在仲裁过程中，您需要注意保留好所有相关证据，并按照仲裁机构的要求参与审理。同时，您也可以考虑咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。
建议：鉴于仲裁赢的关键在于证据的充分性和协议的合法性有效性，我建议您在准备仲裁申请前，先仔细审查补偿协议的内容和签订程序，并收集好所有相关证据。如果您对仲裁流程或法律适用存在疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供更具体的法律建议和指导。