刑事案件已过追诉时效的，一般情况下不能立案，但存在特殊情况可以立案。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况：不能立案
根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条以及《中华人民共和国刑法》第八十七条的规定，犯罪已过追诉时效期限的，司法机关通常不会对该案件进行立案或继续追诉。追诉时效是指对犯罪分子追究刑事责任的有效期限，具体期限依据法定最高刑的不同而有所区别：
- 法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；
- 法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年；
- 法定最高刑为十年以上有期徒刑的，追诉时效为十五年；
- 法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效为二十年，特殊情况下需报请最高人民检察院核准延长。
一旦犯罪行为超过了法律规定的追诉时效，司法机关将不再追究犯罪嫌疑人的刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。
二、特殊情况：可以立案
尽管一般情况下刑事案件已过追诉时效不能立案，但法律也规定了若干特殊情形，在这些情形下可以不受追诉时效的限制或经特别程序后立案：
逃避侦查或审判：
- 根据《中华人民共和国刑法》第八十八条，若案件在人民检察院、公安机关、国家安全机关已经立案侦查或者在人民法院已经受理的情况下，犯罪嫌疑人逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。例如，犯罪嫌疑人在被立案侦查后为躲避追捕而逃匿，无论逃匿多久，一旦被发现均可继续追诉并立案。
被害人提出控告且应立案未立：
- 同样根据《中华人民共和国刑法》第八十八条，若被害人在追诉期限内提出控告，而人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，也不受追诉期限的限制。这意味着，如果被害人及时报案但司法机关未予立案，之后无论何时发现犯罪嫌疑人，均可对其进行追诉并立案。
最高检核准追诉：
- 对于法定最高刑为无期徒刑、死刑的严重犯罪，即使已经过了二十年的追诉时效，如果司法机关认为必须追诉，可以报请最高人民检察院核准后立案。这类犯罪通常包括严重的暴力犯罪、危害国家安全犯罪等，因其性质特别恶劣、社会影响极大，故在法律上保留了特别追诉的可能性。
三、实际操作中的注意事项
- 追诉时效的计算：追诉时效的起算点并非受案日，而是从犯罪行为发生之日起计算。对于连续犯罪或继续犯罪，追诉期限的计算会有所不同。
- 证据的收集与保存：在追诉时效即将届满或已届满的情况下，证据的收集与保存尤为重要。一旦超过追诉时效，即使犯罪嫌疑人被确认有罪，也可能因时效问题而无法被追诉。
- 司法机关的职责：司法机关在受理案件时，应严格审查案件是否已过追诉时效，确保法律的正确适用和公正执行。
总结来说，刑事案件已过追诉时效的，一般情况下不能立案，但存在逃避侦查或审判、被害人提出控告且应立案未立以及最高检核准追诉等特殊情况时，可以不受追诉时效的限制或经特别程序后立案。在处理此类案件时，应综合考虑各种因素，确保法律的正确适用和公正执行。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。