若治疗时间超过医疗期，用人单位与劳动者需根据具体情况，依法依规处理劳动关系及相关权益，具体如下：

1. 医疗期满后的劳动合同处理

   • 解除劳动合同：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第七条，医疗期满后，劳动者若不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。但需注意，用人单位需支付经济补偿金，标准为按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资。
   • 继续履行合同：若劳动者医疗期满后能够继续从事原工作或用人单位另行安排的工作，劳动合同应继续履行。用人单位不得因劳动者曾患病或非因工负伤而解除劳动合同，否则可能构成违法解除，需承担相应的法律责任。

2. 劳动能力鉴定与后续安排

   • 劳动能力鉴定：医疗期满后，若劳动者存在残疾或影响劳动能力的情形，应进行劳动能力鉴定。根据鉴定结果，用人单位可调整劳动者的工作岗位或安排适合的工作，确保劳动合同的继续履行。
   • 后续安排：若劳动者因病或非因工负伤完全丧失劳动能力，且不符合退休、退职条件的，用人单位应按照国家有关规定，给予劳动者相应的医疗补助或生活补助，并依法办理劳动合同解除或终止手续。

3. 工资与福利待遇处理

   • 工资支付：医疗期内，用人单位应按照劳动合同或集体合同的约定，支付劳动者病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。医疗期满后，若劳动者继续休假，用人单位可根据内部规章制度或劳动合同约定，决定是否支付工资及支付标准。
   • 福利待遇：医疗期内，劳动者依法享受社会保险待遇，包括医疗保险、养老保险等。医疗期满后，若劳动合同继续履行，劳动者仍应享受相应的福利待遇；若劳动合同解除或终止，用人单位应依法为劳动者办理社会保险关系转移手续。

4. 特殊情形下的处理

   • 特殊疾病医疗期：对于某些特殊疾病（如癌症、精神病等），根据地方规定或企业内部政策，劳动者可能享有更长的医疗期。在此情况下，治疗时间超过原定医疗期的，应按照特殊疾病医疗期的规定处理。
   • 工伤医疗期：若劳动者因工负伤，其医疗期、停工留薪期等应按照《工伤保险条例》的规定处理。治疗时间超过停工留薪期的，需经劳动能力鉴定委员会确认，并按照相关规定处理后续事宜。

行动建议：

• 对用人单位：建议完善内部规章制度，明确医疗期满后的处理流程，包括劳动能力鉴定、工作岗位调整、工资支付等，确保依法依规处理劳动关系。
• 对劳动者：若治疗时间可能超过医疗期，建议及时与用人单位沟通，了解医疗期满后的处理安排，并保留好相关医疗证明、劳动合同等证据材料，以维护自身合法权益。