超过病假期限的处理方式需根据具体情况判断，主要分为以下两种情形：

1. 医疗期未满但病假超期
   若员工仍处于法定医疗期内（根据工龄和在本单位工作年限确定，一般为3-24个月），但病假申请超过公司制度规定的期限，公司不能直接解除劳动合同。此时应：

   • 要求员工补充提供医疗机构出具的病假建议书、诊断证明等材料，核实其是否需要继续休养；
     
   • 若员工无法提供有效证明，可按公司规章制度处理（如扣发绩效、转为事假等），但需避免直接认定为旷工；
     
   • 若员工确需继续治疗，公司应允许其休满医疗期，医疗期内工资按当地规定支付（通常为最低工资的80%）。

2. 医疗期已满且病假超期
   若员工医疗期已届满，仍无法返岗工作且未提供继续休养的证明，公司可依法处理：

   • 解除劳动合同：需提前30日以书面形式通知员工，或额外支付1个月工资（代通知金），并支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）；
     
   • 调整岗位：若员工能从事其他岗位工作，公司可与其协商调岗，无需支付补偿；
     
   • 停发待遇：医疗期满后继续休假的，公司可停止支付病假工资，但需确保程序合法（如已履行告知义务）。

关键提醒：

• 公司规章制度中关于病假的规定需合法合理（如病假申请流程、证明材料要求等），否则可能被认定为无效；
  
• 操作过程中需保留书面证据（如催告返岗通知、医疗期满证明等），避免因程序瑕疵引发劳动争议；
  
• 若员工属于工伤或职业病，需按《工伤保险条例》特殊处理，医疗期和待遇标准与普通病假不同。

如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我说明情况，我会结合当地法规为您详细解答。