结论：缺勤五天扣五天的所有工资是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。

分析如下：

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位有权根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。这意味着，如果公司在其规章制度或劳动合同中明确规定了缺勤的工资扣除方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照此规定扣除工资是合法的。
   • 但需注意：扣除工资的比例或方式应当合理，不能过度剥夺劳动者的劳动报酬。例如，如果劳动者缺勤五天，公司扣除其五天的全部工资（包括基本工资、奖金、津贴等所有组成部分），这种做法可能过于严苛，尤其是当缺勤并非完全由劳动者个人原因造成时（如突发疾病、家庭紧急情况等）。在这种情况下，劳动者有权向公司提出异议，并寻求劳动争议调解或仲裁机构的帮助。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 如果公司没有在其规章制度或劳动合同中明确规定缺勤的工资扣除方式，那么公司不能随意扣除劳动者的工资。在这种情况下，公司应当与劳动者协商确定缺勤期间的工资支付问题。
   • 若协商不成：公司应当按照劳动者实际出勤的天数支付工资，即缺勤五天则扣除五天的工资（但这里的“工资”应理解为基本工资或日工资，而非全部劳动报酬）。如果公司无故扣除劳动者更多工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁。

3. 特殊情况下的工资扣除：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 这意味着：如果劳动者缺勤是由于其个人原因给公司造成了经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿，并从工资中扣除。但扣除的比例和方式必须符合上述规定。

建议：

• 对于劳动者而言，如果公司存在不合理的工资扣除行为，应当及时与公司沟通协商，要求公司说明扣除工资的依据和理由。如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁。
• 对于公司而言，应当制定合理的规章制度和劳动合同条款，明确缺勤的工资扣除方式和比例。同时，在扣除工资时应当遵循法律法规的规定，确保扣除行为的合法性和合理性。

示例：

假设某劳动者的月工资为5000元，日工资为200元（假设一个月工作25天）。如果该劳动者缺勤五天，且公司规章制度或劳动合同中规定缺勤一天扣除一天工资，则公司应扣除该劳动者1000元工资（5天×200元/天）。但如果公司扣除该劳动者全部5000元工资，则这种做法可能不合法，除非该劳动者的缺勤给公司造成了重大经济损失，且扣除比例符合《工资支付暂行规定》第十六条的规定。