缺勤一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从几个角度详细分析这一问题：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款明确规定了企业支付工资的义务，以及禁止克扣或无故拖欠工资的原则。缺勤一天扣三天工资，实际上是对劳动者工资的克扣，且这种克扣往往超出了劳动者实际缺勤所应承担的责任范围，因此很可能违反了这一法律规定。
二、合法扣发工资的情况
尽管有上述法律原则，但在某些特定情况下，企业可以依法扣发员工的工资。这些情况主要包括：
劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失的：用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。这一规定限制了企业扣发工资的幅度，确保劳动者的基本生活不受影响。
用人单位代扣代缴的款项：如劳动者个人所得税、应由劳动者个人负担的各项保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费或赡养费，以及法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。这些扣发是基于法律或法院判决的强制要求，与劳动者缺勤无直接关联。
三、缺勤一天扣三天工资的合法性分析
缺勤一天扣三天工资的做法，往往超出了劳动者实际缺勤所应承担的责任范围。除非劳动合同或企业规章制度中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则这种做法很可能被视为非法克扣工资。在实际操作中，企业往往难以证明缺勤一天给企业造成了相当于三天工资的损失，因此这种扣发方式缺乏合理性。
四、劳动者的维权途径
如果企业无正当理由扣发员工工资，员工有权采取以下措施维护自己的合法权益：
向劳动监察大队投诉：劳动监察大队是负责监督企业遵守劳动法律法规的机构，员工可以向其投诉企业的违法行为。
向劳动仲裁委员会申请仲裁：劳动仲裁委员会是处理劳动争议的专门机构，员工可以向其申请仲裁，要求企业支付被克扣的工资。
向人民法院提起诉讼：如果员工对仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的权益。
建议：作为劳动者，在面对企业扣发工资的情况时，应首先了解自己的权益和法律法规的规定。如果认为企业的扣发行为不合法，可以及时向相关部门投诉或申请仲裁。同时，也建议企业在制定规章制度时，遵循法律法规的原则，确保扣发工资的合法性和合理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。