结论：起诉案件达成协议书后不撤诉，一般情况下不能直接结案，但具体是否结案还需根据协议书的内容、性质以及案件的具体情况来判断。
详细分析：
协议书的内容与性质：
- 如果协议书是双方就案件实体问题（如赔偿金额、责任划分等）达成的和解协议，并且该协议得到了法院的认可或确认，那么双方可以依据协议书的内容向法院申请撤诉或者申请制作调解书。在这种情况下，如果法院批准了撤诉申请或者制作了调解书并送达双方，案件通常可以视为结案。
- 如果协议书只是双方就某些程序性问题（如延期开庭、证据交换等）达成的协议，或者协议书的内容并未得到法院的认可或确认，那么不撤诉的情况下，案件通常会继续按照法定程序进行审理，不会直接结案。
案件的具体情况：
- 在某些特殊情况下，即使双方达成了协议书，但一方或双方可能出于某种考虑（如担心对方不履行协议、希望获得法院的判决以增强执行力等）而不愿意撤诉。此时，案件会继续审理，直到法院作出判决或裁定。
- 另外，如果协议书的内容涉及违法或违反公序良俗的条款，那么该协议书可能被法院认定为无效，案件也会继续审理。
法律程序与结案标准：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，结案通常指的是法院对案件作出最终判决或裁定，或者双方达成调解协议并经法院确认后制作调解书送达双方。因此，仅仅达成协议书并不足以构成结案的充分条件。
- 如果双方希望以协议书为基础结案，必须确保协议书的内容合法、有效，并且得到法院的认可或确认。在此基础上，双方可以向法院申请撤诉或者申请制作调解书，以实现结案的目的。
建议：
- 如果您已经与对方达成了协议书，并且希望以此为基础结案，建议您及时与法院沟通，了解法院对协议书的认可程度以及结案的具体程序和要求。
- 如果您担心对方不履行协议书或者希望获得更强的执行力，可以考虑在协议书中约定仲裁条款或者向法院申请制作调解书并申请强制执行。
- 在任何情况下，都请确保协议书的内容合法、有效，并且符合您的真实意愿和利益。如有需要，可以寻求专业律师的帮助来起草或审查协议书。
如果您在起诉案件达成协议书后不撤诉能否结案的问题上还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。