在判决书未生效的情况下，双方达成协议后是可以撤诉的，但具体能否撤诉还需根据诉讼阶段和实际情况来确定。以下是对此问题的详细分析：

1. 一审判决未生效的情况：

   • 在法院宣判前：若原告申请撤诉，法院会综合考量多方面因素，如撤诉行为是否会对国家利益、社会公共利益及他人合法权益造成损害等。若不存在不当情形，法院通常会准许撤诉。
   • 一审判决作出但未生效：此时，通常不能撤诉，因为诉讼程序已接近尾声，法院已对案件进行审理并作出判定，当事人丧失了对诉讼程序的主动控制权。不过，双方仍可通过协商达成和解协议，并根据协议内容履行或进一步处理。

2. 二审判决未生效的情况：

   • 二审主要是针对一审判决的上诉审程序，重点在于对一审判决进行审查和裁判。一般来说，二审判决一旦作出即生效（除非出现发回重审等特殊情况），所以在二审判决未生效时，通常不存在撤诉的说法。但如果二审法院在判决前认为有必要，也可以根据当事人的申请或依职权裁定撤回上诉。

综上所述，判决书未生效时双方达成协议能否撤诉，需结合具体所处的诉讼阶段和实际情况来确定。若您处于此类情况中，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。作为专业律师，我擅长处理合同纠纷和离婚领域的问题，如有需要，您可以随时向我提问。