员工主动离职时，工资的结清时间主要依据《工资支付暂行规定》等法律法规，原则上应在离职时一次性结清，但若双方有合法约定，也可在下月公司常规发薪日结清。以下是对这一问题的详细分析：

法律规定与原则

根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这是保障劳动者合法权益的基本法律规定，旨在避免因工资支付问题产生纠纷。从法律原则上来讲，员工办理离职手续时，用人单位就应当一次性结清其应得工资。

实际操作中的常见情形

尽管有上述严格规定，但在实际操作中，很多用人单位会按照既定的工资发放时间来支付离职工资，即等到下个月正常发薪日再结清。这种做法在以下条件下通常会被司法实践所认可：

1. 双方有明确约定：如果用人单位与劳动者在劳动合同或其他书面协议中，对工资支付时间有特别约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么可以按照约定的时间支付工资。例如，双方约定在办理完离职手续后的次月工资发放日结清工资，这种约定是有效的。
2. 公司财务流程或规定：有些公司可能有自己的财务流程或规定，如每月固定日期发放工资。即使员工在月中离职，也可能需要等到下个月的发薪日才能收到最后一个月的工资。只要公司的这种做法不违反法律法规，且已提前明确告知员工相关情况（最好在劳动合同或入职时即告知），则此做法是合法的。

劳动者权益保护与建议

如果用人单位既没有在离职时结清工资，也没有按照约定在后续正常发薪日支付工资，就属于拖欠工资的违法行为。此时，劳动者可以通过以下途径来维护自己的合法权益：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，协商解决工资支付问题。
2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。
3. 申请劳动仲裁：若投诉仍无法解决问题，劳动者可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。

为确保自身权益，劳动者在离职前应与公司明确工资的结算时间和方式，并保留好相关证据（如劳动合同、工资条、银行转账记录等）。这样，在发生纠纷时，劳动者可以更有力地维护自己的合法权益。

特殊情况下的处理

如果员工离职时，公司确实存在资金周转困难等特殊情况，无法立即结清工资，那么双方可以协商一个合理的支付期限，并签订书面协议明确支付时间和方式。但这种情况必须得到劳动者的同意，并且公司应确保在约定的期限内支付工资，否则仍构成拖欠工资的违法行为。

综上所述，员工主动离职时，工资的结清时间应遵循法律法规的严格规定，即在劳动关系解除或终止时一次性付清。但在实际操作中，若用人单位与劳动者有相关约定，并确保工资支付的及时性和安全性，也可按照约定的时间支付。无论如何，用人单位都应尊重并保障劳动者的合法权益，及时、足额地支付离职员工的工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。