结论前置：
- 一般情况下，劳动合同中约定加班费按当地最低工资标准计算是违法的。加班费的计算应基于劳动者正常工作时间的工资，并确保不低于当地最低工资标准。
- 但在特定且合法的情况下，如果双方在劳动合同中明确约定了以最低工资标准作为加班基数，并且该约定不违反法律的强制性规定，那么这种约定是有效的。不过，这种情况较为少见，且必须确保约定的自愿性和明确性。
详细分析：
一、加班费计算基数的法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，加班费的计算基数有着明确的规定。通常，如果劳动合同中明确约定了工资数额，并且该数额不低于当地最低工资标准，那么应当以劳动合同约定的工资作为加班费的计算基数。这涵盖了基本工资、岗位津贴、奖金等构成劳动者正常工作时间的所有工资项目。
二、以最低工资标准作为加班费计算基数的合法性分析
一般情况下的违法性：
- 在大多数情况下，劳动者的正常工作时间工资会高于当地最低工资标准。因此，如果用人单位简单地将最低工资标准作为加班费的计算基数，很可能会损害劳动者的合法权益。例如，当劳动者的正常月工资远高于最低工资标准时，按照最低工资标准计算加班费将导致劳动者获得的加班费远低于其应得数额。
特定情况下的合法性：
- 尽管一般情况下不能以最低工资标准作为加班费的计算基数，但在某些特定情况下，如果双方在劳动合同中明确且合法地约定了以最低工资标准作为加班基数，并且该约定不违反法律的强制性规定（如不损害劳动者的基本生活需求等），那么这种约定是有效的。但这种情况较为少见，且必须确保约定的自愿性和明确性，即劳动者是在充分了解并同意的情况下签订的劳动合同。
三、实践建议
对用人单位的建议：
- 用人单位应严格遵守劳动法的相关规定和劳动合同的约定，合理确定加班费的计算基数。避免简单地将最低工资标准作为加班费的计算基数，以免损害劳动者的合法权益并引发劳动纠纷。
对劳动者的建议：
- 劳动者应了解自己的权益，如认为加班费被违法计算或拖欠，可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。同时，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费计算基数的约定，确保自己的权益得到保障。
四、可能的法律后果
如果用人单位违法以最低工资标准作为加班费的计算基数，劳动者有权要求用人单位补发加班费差额，并可能根据具体情况要求用人单位支付经济补偿金或赔偿金。此外，用人单位还可能面临劳动监察部门的处罚和声誉损失等后果。
综上所述，加班费基数的确定应遵循劳动法的明确规定和劳动合同的约定，确保劳动者的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。