结论：公司以未提交考勤异常请假等为由进行罚款是否合法，需分情况讨论，关键在于公司罚款的依据是否合法合理，以及罚款行为是否符合法定程序和限度。

1. 若公司有合法有效的规章制度作为依据，且罚款符合法定程序和限度，则可能是合法的：

   • 规章制度合法性：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果公司关于考勤异常请假罚款的规章制度经过了上述民主程序制定，并且已经向劳动者公示或告知，那么该规章制度在内容不违反法律、行政法规及政策规定的前提下，是具有法律效力的。
   • 罚款符合法定程序和限度：即使公司有合法的规章制度作为依据，罚款也必须符合法定程序和限度。一般来说，公司不能随意对员工进行罚款，罚款应当有明确的事实依据和合理的计算方式，且罚款的数额应当合理，不能超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%）。如果公司罚款时遵循了这些原则，那么罚款行为可能是合法的。

2. 若公司没有合法有效的规章制度作为依据，或者罚款违反了法定程序和限度，则是不合法的：

   • 无规章制度依据：如果公司没有制定关于考勤异常请假罚款的规章制度，或者该规章制度没有经过民主程序制定，也没有向劳动者公示或告知，那么公司就不能依据该规章制度对员工进行罚款。
   • 违反法定程序和限度：即使公司有规章制度作为依据，但如果罚款时没有明确的事实依据，或者罚款的计算方式不合理，或者罚款的数额超过了员工当月工资的20%，那么罚款行为也是不合法的。在这种情况下，员工有权拒绝缴纳罚款，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。