针对您提出的问题“调查时未过追诉期，但立案时已过追诉期怎么办”，这是一个涉及刑事追诉时效制度的复杂问题。以下是我根据相关法律规定和律师见解，为您提供的详细解答：
一、追诉时效制度概述
首先，我们需要明确追诉时效制度的基本内容。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，犯罪行为在经过一定期限后，将不再被追诉。这一期限根据犯罪的法定最高刑不同而有所差异，从五年到二十年不等。特殊情况下，若二十年后认为必须追诉，还需报请最高人民检察院核准。
二、立案时已过追诉期的处理原则
在大多数情况下，如果案件在立案时已经超过了相应的追诉期限，司法机关将不再对犯罪嫌疑人进行追诉。这是因为追诉时效制度旨在督促司法机关及时行使职权，并考虑到证据可能随时间灭失、案件事实难以查清等实际情况。
然而，也存在一些特殊情况，使得追诉期限不受限制。这些情况主要包括：
犯罪嫌疑人逃避侦查或审判：如果犯罪嫌疑人在司法机关立案侦查或受理案件后逃避侦查或审判，那么追诉期限将不受限制。这意味着，即使案件在立案时已经超过了追诉期限，但只要犯罪嫌疑人存在逃避行为，司法机关仍可对其进行追诉。
被害人在追诉期限内提出控告：如果被害人在追诉期限内提出控告，而司法机关应当立案却不予立案，那么同样不受追诉期限的限制。这种情况下，即使案件在立案时已经超过了追诉期限，但只要存在被害人的控告和司法机关的不作为，仍可对犯罪嫌疑人进行追诉。
三、针对您问题的具体解答
针对您提出的情况，即“调查时未过追诉期，但立案时已过追诉期”，我们需要考虑以下几点：
调查阶段与立案阶段的区别：调查阶段通常指的是司法机关对案件进行初步了解、收集证据的过程，而立案阶段则是司法机关正式决定对案件进行侦查或审判的阶段。如果调查时未过追诉期，但立案时已过，这可能意味着在调查阶段司法机关未能及时立案，导致案件在立案时已经超过了追诉期限。
是否存在特殊情况：在这种情况下，我们需要进一步审查是否存在上述特殊情况，即犯罪嫌疑人是否逃避侦查或审判，或者被害人在追诉期限内是否提出控告而司法机关未予立案。如果存在这些情况，那么追诉期限将不受限制，司法机关仍可对犯罪嫌疑人进行追诉。
建议与措施：如果您面临这种情况，我建议您及时咨询专业法律人士，以便更准确地了解案件的具体情况和可能的法律后果。同时，您也可以向司法机关提出申请，要求他们审查案件是否符合不受追诉期限限制的条件，并据此作出相应的处理决定。
四、总结与建议
综上所述，案件在立案时已过追诉期的处理方式取决于是否存在特殊情况。如果不存在特殊情况，那么司法机关通常将不再对犯罪嫌疑人进行追诉；如果存在特殊情况，则追诉期限将不受限制。面对此类复杂情况，我建议您尽快咨询专业法律人士以获取具体法律建议和帮助。