在行政案件中，如果立案后发现已经过了追诉期，这是一个涉及法律程序和权益保障的重要问题。以下是对此问题的详细解答：

一、追诉期的核心意义

追诉期是法律为行政机关设定的对违法行为进行责任追究的有效期限。一旦超过这个期限，行政机关通常将失去对该违法行为的处罚权。这是为了保障法律的确定性和稳定性，避免对长期未被发现的违法行为进行无限期的追责。

二、追诉期的具体计算

1. 一般期限：行政案件的追诉时效期限通常为二年。这意味着，如果违法行为在二年内未被行政机关发现，那么行政机关将不再对该违法行为给予行政处罚。

2. 特殊期限：对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，追诉期限会延长至五年。这是为了更严厉地打击这类严重违法行为，保护公共利益。

3. 连续或继续状态：如果违法行为具有连续或者继续状态，那么追诉时效将从行为终了之日起计算。这意味着，对于持续性的违法行为，行政机关可以在行为结束后的二年或五年内进行处罚。

三、追诉期届满后的法律后果

1. 行政机关方面：

   • 行政机关将丧失对该违法行为的处罚权，即使后来发现了该行为，也不能再作出罚款、吊销许可证等行政处罚决定。
   • 但是，如果违法行为存在后续影响需要处理，如违法建筑存在安全隐患，行政机关仍然可以采取责令改正、消除影响或拆除等非处罚性措施。

2. 当事人方面：

   • 当事人将免除行政处罚责任，不再因该已过追诉期的违法行为面临行政处罚。
   • 然而，如果违法行为同时构成民事侵权或犯罪，当事人仍然可能需要承担民事赔偿或刑事追诉的责任（刑事追诉也有其独立的追诉时效）。

四、特殊情况下的处理

1. 追诉期内立案调查：如果在追诉期内已经启动了立案调查程序，那么即使案件在追诉期届满后仍未处理完毕，行政机关仍然可以继续进行调查和处理。

2. 法定特殊情况：根据法律规定，某些特殊情况下不受追诉期限的限制。例如，如果人民检察院、公安机关、国家安全机关已经立案侦查，或者在人民法院受理案件后犯罪分子逃避侦查或审判，以及被害人在追诉期限内提出控告而司法机构未及时立案处理等情形。

3. 公共利益考量：在某些特殊情形下，即使案件过了追诉期，如果涉及公共利益等因素，行政机关也可能采取特殊处理方式，但这需要严格的法律授权和程序保障。

五、当事人的救济途径

如果当事人认为行政机关对已过追诉期的案件进行了不合法处罚，他们可以通过行政复议或行政诉讼的方式，要求复议机关或人民法院审查行政机关的处罚决定是否合法。这是当事人维护自己合法权益的重要途径。

总结：行政案件中的追诉期是一个严格的法律界限，超过此期限后，行政机关通常不得再进行处罚。然而，这并不意味着当事人可以完全摆脱法律责任，因为还可能面临民事或刑事方面的追责。在处理此类案件时，应综合考虑法律法规、案件具体情况以及公共利益等多方面因素。如果当事人对行政机关的处理有异议，可以通过法律途径进行救济。