针对您提出的“司法机关已立案过了追诉期怎么办”的问题，这是一个涉及刑法追诉时效与司法程序衔接的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、追诉时效的基本概念

追诉时效是刑法中规定的，对犯罪人追究刑事责任的有效期限。根据《刑法》第八十七条的规定，不同法定最高刑的犯罪，其追诉时效期限也不同，从五年到二十年不等。若超过这个期限，原则上不再追诉。但这一原则在案件已立案的情况下，存在例外。

二、已立案案件的追诉时效特殊性

1. 立案即启动追诉程序：一旦案件被司法机关立案，就意味着刑事追诉程序已经正式启动。此时，即便案件已经过了通常所说的追诉期限，司法机关仍会继续进行侦查、起诉和审判。

2. 不受追诉时效限制的情形：

   • 逃避侦查或审判：在人民检察院、公安机关或国家安全机关决定立案侦查，或在法院正式受理案件后，如果犯罪嫌疑人逃避侦查或审判，那么该案件不受追诉时效的限制。
   • 被害人控告未立案：如果被害人在追诉期内提出控诉，而人民法院、人民检察院或公安机关应当立案却未予立案的，该案件同样不受追诉时效的制约。

三、已立案过了追诉期的处理方式

1. 立案阶段：如果案件在立案阶段就发现已经过了追诉期，且不存在上述不受追诉时效限制的情形，那么司法机关可能会撤销案件。

2. 审查起诉阶段：如果案件已经进入审查起诉阶段，检察院在审查过程中发现已经过了追诉期，且不存在不受追诉时效限制的情形，那么检察院可能会作出不起诉决定。

3. 审判阶段：如果案件已经进入审判阶段，法院在审理过程中发现已经过了追诉期，且不存在不受追诉时效限制的情形，那么法院可能会终止审理或宣告无罪。但需要注意的是，如果法院认为必须追诉的（如二十年以后认为必须追诉的），须报请最高人民检察院核准。

四、特殊情况的处理

• 犯罪嫌疑人或被告人死亡：如果案件在追诉过程中，犯罪嫌疑人或被告人死亡，那么根据法律规定，案件可能会依法终止。

五、建议与措施

1. 司法机关应准确审查追诉时效：在处理案件时，司法机关应及时、准确地审查追诉时效，避免因误判而导致案件处理不当。

2. 加强相关宣传：提高公众对追诉时效及不受限情形的法律意识，有助于减少因不了解法律而导致的误解和纠纷。

3. 保障被害人权益：对于被害人控告的案件，相关机关应严格依法及时审查立案，确保被害人的合法权益得到保障。

综上所述，已立案的案件一般不受追诉时效的限制，除非出现法定情形导致案件无法继续办理。在处理此类案件时，司法机关会根据案件的具体情况和法律规定进行审查判断，并作出相应的处理决定。希望以上解答能够对您有所帮助。