当立案后发现已过追诉时效，处理方式会根据案件所处的不同阶段而有所差异。以下是对此问题的详细解答：

一、立案后超过追诉时效的一般处理原则

追诉时效是追究犯罪分子刑事责任的有效期限。在此期限内，司法机关有权追诉；超过了此期限，司法机关通常不能再行追诉。不同犯罪的追诉时效期限不同，通常根据法定最高刑来确定。例如，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，追诉时效为十年等。

立案后发现已超过追诉时效，一般会有以下处理：

1. 立案阶段：应撤销案件。
2. 审查起诉阶段：检察院应作出不起诉决定。
3. 审判阶段：法院应终止审理或宣告无罪。

二、特殊情形下的处理

尽管一般情况下超过追诉时效将不再追究刑事责任，但也存在一些特殊情形，在这些情形下，即使超过了追诉时效，犯罪嫌疑人仍然可能被追究刑事责任：

1. 逃避侦查或审判：根据《刑法》规定，在人民检察院、公安机关、国家安全机关立案侦查或者在人民法院受理案件以后，逃避侦查或者审判的，不受追诉期限的限制。这意味着，只要司法机关已经立案，犯罪嫌疑人逃避侦查或审判，无论过了多久，依然会被追究刑事责任。
2. 被害人在追诉期限内提出控告但未立案：如果被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，也不受追诉期限的限制。

三、解决措施与建议

1. 司法机关准确审查：司法机关在处理案件时，要及时准确审查追诉时效，避免误判。对于已经超过追诉时效的案件，应依法作出相应处理。
2. 加强宣传与教育：加强对追诉时效及不受限情形的宣传与教育，提高公众的法律意识。这有助于公众了解追诉时效制度，避免因此产生不必要的误解或纠纷。
3. 严格审查立案：对于被害人控告的案件，相关机关应严格依法及时审查立案，保障被害人的合法权益。如果因司法机关自身原因未及时处理导致超追诉时效，应具体分析并考虑是否追责。

综上所述，立案后发现已过追诉时效的处理方式需要根据案件的具体情况和法律规定来判断。在司法实践中，司法机关会依法进行审查并作出相应处理。同时，公众也应了解追诉时效制度及其特殊情形，以维护自身的合法权益。