结论：在原被告已就工程签过总结算单的情况下，被告再申请鉴定是否应当准许，需根据具体情况判断。一般来说，若总结算单是双方真实意思表示且合法有效，被告的鉴定申请可能不会被准许；但若存在特定情形，如结算单存在重大误解、显失公平或欺诈等，被告的鉴定申请则可能被准许。
分析说明：
总结算单的法律效力：
- 总结算单是双方就工程价款等事项达成的最终协议，具有合同性质。一旦双方签字确认，即视为对工程价款的认可，对双方均具有法律约束力。
- 若总结算单是双方真实意思表示，且不存在违反法律、行政法规的强制性规定或损害社会公共利益等情形，则该结算单合法有效。
被告申请鉴定的情形：
- 一般情形：在总结算单合法有效的情况下，被告再申请鉴定通常不会被准许。因为鉴定是对工程价款等事项的重新评估，若已存在合法有效的结算单，则无需再进行鉴定。
- 特定情形：若被告能提供充分证据证明总结算单存在重大误解、显失公平或欺诈等情形，导致结算单的内容与实际情况严重不符，则被告的鉴定申请可能被准许。此时，法院或仲裁机构可能会根据被告的申请，委托专业机构对工程价款等事项进行鉴定。
法律后果：
- 若被告的鉴定申请被准许，且鉴定结果与总结算单存在显著差异，则可能影响工程价款的最终确定，进而对双方的权益产生影响。
- 若被告的鉴定申请未被准许，则总结算单将继续作为双方结算的依据，被告需按照结算单的内容履行支付义务。
法律建议：
- 对于原告：若已与被告签订合法有效的总结算单，应妥善保管该结算单，并在必要时作为证据提交给法院或仲裁机构。同时，应关注被告是否提出鉴定申请，并准备好相应的反驳证据。
- 对于被告：若认为总结算单存在重大误解、显失公平或欺诈等情形，应及时收集相关证据，并在法定期限内向法院或仲裁机构提出鉴定申请。同时，应做好应对鉴定结果的准备，包括可能的价款调整和支付义务。
行动建议：
- 在处理此类纠纷时，建议双方首先尝试通过协商解决争议，以节省时间和成本。
- 若协商无果，则应及时寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。在此过程中，应充分了解相关法律法规和司法实践，以便更好地维护自己的合法权益。
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