结论：进厂签合同但和中介签，而由厂里发工资的情况是否合理，主要取决于您与工厂还是中介建立了劳动关系。以下是具体分析：
与工厂建立劳动关系的情况
- 合同签订：如果您直接与工厂签订了劳动合同，而中介仅起到介绍工作的作用，并未与您建立劳务派遣关系，那么您与工厂之间形成了直接的劳动关系。
- 工资发放：在此情况下，根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，工厂作为用人单位，有义务按时足额支付您的劳动报酬。因此，由工厂发放工资是合理的。
- 中介角色：中介在此情况下不参与工资的发放，但可能会向您或工厂收取一定的中介费用。
与中介建立劳务派遣关系的情况
- 合同签订：如果您与中介机构签订了劳务派遣合同，并被派遣到工厂工作，那么您与中介之间形成了劳务派遣关系。
- 工资发放：根据《中华人民共和国劳动合同法》关于劳务派遣的规定，劳务派遣单位（即中介机构）是法律上的用人单位，负责按月支付您的劳动报酬。虽然实际上可能是工厂将包括您工资在内的劳务费用支付给中介，再由中介发放给您，但从法律关系上讲，工资应由中介发放。因此，如果合同明确是劳务派遣关系，而由工厂直接发放工资，则可能存在法律上的不规范，尽管实际操作中可能出于便利考虑。
- 中介责任：在此情况下，中介机构不仅承担介绍工作的职责，还负责工资的发放和管理。如果中介未按时足额支付工资，您有权向中介主张权利。
法律建议：
- 明确合同关系：在签订合同时，务必仔细阅读合同条款，明确自己是与工厂还是中介建立了劳动关系。这直接关系到您的工资发放主体、福利待遇等权益。
- 保留证据：无论工资由谁发放，都应妥善保留与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录等。这些证据在维权时将起到关键作用。
- 及时维权：如遇工资拖欠或不足额支付的情况，首先应与责任主体（工厂或中介）进行协商。协商不成时，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果实际上是与工厂建立劳动关系但由中介发放工资（尽管不常见），且中介未按时足额支付工资，您可能需要先向工厂反映情况，要求工厂督促中介支付或直接由工厂支付。
- 如果与中介建立劳务派遣关系但由工厂直接发放工资（法律上可能不规范），一旦发生工资纠纷，可能会增加维权的复杂性。因此，建议尽量确保工资发放与法律关系一致，以减少潜在风险。
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