结论：公司赔偿年资时，不按平均工资而仅按底薪赔偿，是否违法需分情况讨论。一般来说，如果劳动合同、公司规章制度或相关法律法规有明确规定应按平均工资计算，而公司却仅按底薪赔偿，那么公司的做法是违法的；反之，如果相关约定或规定不明确，或者公司有合理的理由仅按底薪赔偿，那么可能不构成违法。
分析：
法律法规依据：
- 在劳动法律体系中，对于经济补偿或赔偿的计算，通常会有明确的规定。例如，在计算经济补偿金时，一般会以劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资为基数。这里的“平均工资”通常指的是应发工资，包括底薪、奖金、津贴等所有收入。
- 如果相关法律法规或劳动合同、公司规章制度中明确规定了赔偿年资应按平均工资计算，而公司却仅按底薪赔偿，那么公司的做法显然违反了这些规定。
劳动合同与公司规章制度：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了赔偿年资的计算方式，那么双方都应遵守。
- 公司规章制度也是用人单位管理劳动者的重要依据。如果公司规章制度中规定了赔偿年资的计算方式，并且该规章制度已经向劳动者公示或告知，那么同样具有法律效力。
- 如果劳动合同或公司规章制度中未明确规定赔偿年资的计算方式，或者规定不明确，那么就需要参考相关法律法规或行业惯例。
公司行为的合理性：
- 即使相关法律法规、劳动合同或公司规章制度中未明确规定赔偿年资的计算方式，公司也不能随意决定仅按底薪赔偿。公司需要考虑到其行为的合理性和公平性，以及可能对劳动者造成的影响。
- 如果公司有合理的理由仅按底薪赔偿（例如，底薪已经反映了劳动者的工作价值和贡献），并且这一理由得到了劳动者的认可或接受，那么可能不构成违法。但这种情况比较罕见，且需要充分的证据支持。
建议：
- 如果你认为公司的赔偿方式不合法或不合理，你可以先与公司进行协商，要求公司按照法律法规、劳动合同或公司规章制度的规定进行赔偿。
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，建议你保留好相关的证据材料，如劳动合同、工资单、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
可能后果：
- 如果公司的行为被认定为违法，那么公司可能需要承担相应的法律责任，包括补发赔偿金、支付滞纳金或罚款等。
- 同时，公司的违法行为也可能对其声誉和形象造成负面影响，影响其与劳动者的关系和未来的招聘工作。
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