“公司规定做满三个月才能辞职”这一规定是不合法的。下面我从法律背景、具体分析以及应对措施几个方面为你详细解释：

法律背景

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有单方面解除劳动合同的权利。这一权利是法律赋予劳动者的基本权益，旨在保障劳动者的职业自由选择和权益保护。具体来说，劳动者解除劳动合同的通知期限依据是否处于试用期而有所不同：

1. 试用期内：劳动者在试用期内如需解除劳动合同，只需提前三日通知用人单位即可。
2. 转正之后：对于已经转正的员工，如需解除劳动合同，则需提前三十日以书面形式通知用人单位。

具体分析

公司设置“工作满3个月才可以辞职”的条件，实际上是对劳动者合法权益的一种限制。这一规定与《劳动合同法》赋予劳动者的解除劳动合同权利相违背，具体表现在以下几个方面：

1. 限制了劳动者的辞职自由：法律已经明确规定了劳动者可以提前通知解除劳动合同的时间和方式，公司内部规定不能剥夺或限制员工的这一法定权利。
2. 违反了劳动法的强制性规定：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的劳动合同条款是无效的。因此，公司规定做满三个月才能辞职的限制性条款，因违反了法律赋予劳动者的辞职权而可能被视为无效或部分无效。

应对措施

若公司以该不合理规定为由拒绝员工的辞职申请，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与公司沟通协商：首先，尝试与公司进行沟通，明确表达自己的立场和法律依据，争取通过协商解决问题。你可以向公司说明，根据法律规定，你只需提前通知即可辞职，无需满足公司设定的三个月期限。
2. 向劳动监察部门投诉：如果公司仍然坚持这一不合法的规定，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并可以责令公司改正。
3. 申请劳动仲裁：在必要时，你还可以考虑申请劳动仲裁来维护自己的权益。劳动仲裁机构会根据法律规定和事实情况，对争议进行裁决，并保障你的合法权益得到实现。

综上所述，“公司规定做满三个月才能辞职”是不合法的。劳动者在面对此类情况时，应了解自己的法律权利，并通过合法途径来维护自己的权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。