结论：每月公休四天的情况下，请假半天超休总共超休半天扣工资500多元是否合理，这并不能直接判断，需要结合具体的工资结构、公司规章制度以及相关法律法规来综合分析。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、从工资结构角度分析
日工资计算：
- 如果员工的月工资是固定的，那么日工资通常可以通过月工资除以当月应出勤天数（扣除公休日）来计算。例如，若月工资为6000元，当月应出勤天数为26天（假设公休4天），则日工资约为230.77元。
- 在这种情况下，超休半天应扣除的工资应为日工资的一半，即约115.38元，远低于500多元。
工资构成复杂：
- 如果员工的工资构成较为复杂，包括基本工资、绩效奖金、津贴补贴等多个部分，且公司规章制度中规定了超休扣款的特殊计算方式（如按一定比例扣除绩效奖金等），那么超休半天扣500多元可能在一定程度上是合理的，但具体还需看规章制度的具体内容。
二、从公司规章制度角度分析
规章制度合法性：
- 公司规章制度必须符合法律法规的规定，且经过民主程序制定并公示或告知员工。如果规章制度中明确规定了超休扣款的金额或计算方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行是合法的。
- 但如果规章制度中的扣款规定过于苛刻或不合理，可能因违反法律法规或公序良俗而被认定为无效。
规章制度执行：
- 即使规章制度中规定了超休扣款的金额或计算方式，公司在执行时也应确保公平、公正、合理。如果公司对所有员工都按照同一标准执行扣款，且该标准在合理范围内，那么可以认为是合理的。
- 但如果公司存在区别对待、随意扣款等行为，则可能构成违法行为。
三、从相关法律法规角度分析
《劳动法》相关规定：
- 根据《劳动法》的规定，劳动者有休息休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。同时，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。
- 对于超休扣款的问题，《劳动法》并没有直接规定具体的扣款金额或计算方式，但要求用人单位在制定规章制度时不得违反法律法规的强制性规定，且应保障劳动者的合法权益。
地方性法规或规章：
- 不同地区可能根据当地的实际情况制定了地方性法规或规章，对超休扣款等问题进行了具体规定。因此，在分析超休扣款是否合理时，还需要考虑当地的地方性法规或规章。
四、建议与措施
核查工资结构：
- 员工应首先核查自己的工资结构，了解日工资的计算方式以及工资构成中各个部分的具体金额。
审查公司规章制度：
- 员工应仔细审查公司的规章制度，特别是关于超休扣款的规定。如果规章制度中存在不合理或违法的规定，员工可以向公司提出异议或向相关部门投诉。
与公司协商：
- 如果员工认为超休扣款不合理，可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。在协商过程中，员工可以提供自己的工资结构、公司规章制度以及相关法律法规等依据来支持自己的观点。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，员工可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁。在申请调解或仲裁时，员工需要提供相关证据来证明自己的主张。
举例说明：假设某员工的月工资为6000元，当月应出勤天数为26天（公休4天），日工资约为230.77元。如果公司规章制度中规定超休半天扣款为日工资的两倍（即461.54元），这显然是不合理的，因为超过了日工资本身。但如果公司规章制度中规定超休半天扣款为日工资的一定比例（如50%），即约115.38元，并在合理范围内执行，那么可以认为是合理的。然而，实际扣款500多元显然远超这一合理范围，因此很可能存在不合理之处。
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