行政机关在法院认定事实的证据后，通常会根据具体情况采取以下处理方式：

1. 证据采纳与行政行为调整：

   • 如果法院认定的事实证据对行政机关之前的行政行为（如行政处罚、行政许可等）有直接影响，且该证据表明原行政行为存在错误或不当，行政机关应当根据法院的认定结果，依法调整或撤销原行政行为。例如，在行政处罚案件中，如果法院认定行政机关所依据的证据不足或存在瑕疵，行政机关应当撤销或变更原处罚决定。

2. 证据存档与参考：

   • 即使法院认定的事实证据不直接导致行政行为的调整，行政机关也应当将该证据存档，并在未来的行政决策中作为参考。这有助于行政机关更全面地了解案件事实，提高行政决策的准确性和公正性。例如，在环境监管领域，法院认定某企业存在污染行为，行政机关可以将该判决作为后续监管和执法的重要依据。

3. 内部审查与责任追究：

   • 行政机关还应当对法院认定事实证据所反映出的内部管理问题进行审查。如果发现行政机关工作人员在证据收集、审查或行政行为作出过程中存在违法或不当行为，行政机关应当依法进行责任追究，包括给予行政处分或移送司法机关处理。这有助于维护行政机关的公信力和权威性。

4. 法律学习与培训：

   • 行政机关应当将法院认定事实证据的过程和结果作为法律学习和培训的重要内容。通过组织相关人员学习法院判决，分析证据认定中的法律问题和技巧，提高行政机关工作人员的法律素养和执法能力。这有助于减少未来行政行为中的法律风险，提升行政机关的整体执法水平。

在处理过程中，行政机关需特别注意：

• 依法行事：行政机关的所有处理行为都必须严格依据法律法规进行，确保程序的合法性和结果的公正性。
• 尊重法院判决：行政机关应当尊重法院的判决结果，不得擅自改变或忽视法院认定的事实证据。
• 保护当事人权益：在处理过程中，行政机关应当充分保护当事人的合法权益，确保当事人的陈述、申辩等权利得到充分行使。

如有具体案件或情境下的证据处理问题，欢迎直接向我咨询，我会结合实际情况为你提供更详细的法律建议。