若规划部门和设计单位对建设工程设计方案构成恶意串通损害申请人利益，申请人可以通过行政复议、行政诉讼、民事赔偿诉讼等法律途径维护自身合法权益，具体分析如下：

1. 行政复议途径
   根据《行政复议法》第六条，申请人认为行政机关（如规划部门）的具体行政行为侵犯其合法权益的，可向上一级行政机关或法定复议机构申请复议。若规划部门在审批设计方案时存在程序违法（如未依法公示、未听取利害关系人意见）或实体违法（如违反城乡规划强制性标准），复议机关可撤销或变更该行政行为。关键点：需在知道该行政行为之日起60日内提出复议申请，并提交初步证据证明规划部门行为违法且损害其利益。

2. 行政诉讼途径
   若复议未果或直接选择诉讼，申请人可依据《行政诉讼法》第十二条，以规划部门为被告提起行政诉讼，请求法院撤销违法审批行为。若设计单位与规划部门存在恶意串通（如设计单位明知方案违法仍配合规划部门违规审批），可同时将设计单位列为第三人，要求法院审查其主观恶意及行为违法性。关键点：需在知道行政行为作出之日起6个月内起诉，并重点举证规划部门行为与损害结果之间的因果关系。

3. 民事赔偿诉讼途径
   若恶意串通行为导致申请人直接经济损失（如因方案违法导致项目停工、拆除重建等），申请人可依据《民法典》第一百五十四条，以规划部门和设计单位为共同被告提起民事侵权诉讼，要求赔偿实际损失及合理维权费用。关键点：需证明两方存在“通谋”主观故意（如书面协议、录音证据等），且损失与恶意串通行为存在直接关联。

4. 举报与纪律处分途径
   申请人可向纪检监察机关举报规划部门工作人员滥用职权、玩忽职守等违纪行为，或向行业主管部门投诉设计单位违反职业道德规范的行为。若查实存在利益输送、权钱交易等违法犯罪线索，可移送司法机关追究刑事责任。关键点：举报需提供具体线索（如时间、地点、人员、金额等），避免主观臆断。

实务建议：

• 证据固定：立即通过公证、录音、书面函件等方式固定规划部门违法审批的证据（如审批文件、公示记录、专家评审意见等），以及设计单位参与恶意串通的证据（如设计文件修改记录、沟通邮件等）。
  
• 程序衔接：若选择行政复议或诉讼，需注意“复议前置”情形（如部分规划许可需先复议再诉讼），避免程序瑕疵导致维权受阻。
  
• 损失量化：在民事赔偿诉讼中，需委托专业机构评估直接经济损失（如重建成本、工期延误损失等），避免因损失计算不清导致诉求被驳回。
  

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