若发包方与总包方恶意串通，首先明确的是，这种行为可能构成违法甚至犯罪，具体处理方式需根据实际情况和法律规定来判定。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、法律定性
合同效力：
- 根据《民法典》的相关规定，恶意串通损害国家、集体或第三人利益的合同无效。因此，若发包方与总包方恶意串通签订的合同损害了他人利益，该合同自始无效。
法律责任：
- 恶意串通的行为可能涉及民事欺诈、商业贿赂等违法行为，甚至可能构成犯罪，如串通投标罪等。根据违法或犯罪的严重程度，相关责任人可能需要承担民事责任、行政责任乃至刑事责任。
二、处理方式
协商解决：
- 在发现恶意串通行为后，首先可以尝试通过协商的方式解决。双方可以就合同效力、损失赔偿等问题进行谈判，寻求达成和解。但需注意，协商解决需基于双方自愿，且不得损害国家、集体或第三人的利益。
法律途径：
- 民事诉讼：若协商无果，受损方可以向人民法院提起民事诉讼，要求确认合同无效，并请求赔偿损失。在诉讼过程中，需提供充分证据证明发包方与总包方存在恶意串通的行为。
- 行政投诉：若恶意串通行为违反了相关行政法规，如招投标法规等，受损方可以向相关行政主管部门进行投诉。行政主管部门在查实后，可能会对相关责任人进行行政处罚。
- 刑事报案：若恶意串通行为涉嫌犯罪，如串通投标罪等，受损方可以向公安机关报案。公安机关在查实后，会依法对犯罪嫌疑人进行刑事立案侦查，并可能移送检察机关审查起诉。
证据收集：
- 在处理恶意串通行为时，证据的收集至关重要。受损方应尽可能收集与恶意串通行为相关的证据，如合同文本、往来邮件、聊天记录、转账记录等。这些证据将有助于证明发包方与总包方存在恶意串通的行为，并支持受损方的诉求。
三、预防措施
完善合同条款：
- 在签订合同时，应尽可能完善合同条款，明确双方的权利和义务，以及违约责任等。这有助于减少合同履行过程中的纠纷和争议。
加强监督和管理：
- 发包方和总包方应加强对合同履行过程的监督和管理，确保合同按照约定履行。同时，应建立有效的内部监督机制，防止内部人员与外部人员恶意串通。
提高法律意识：
- 发包方和总包方应提高法律意识，了解相关法律法规和规定，避免因无知而触犯法律。同时，应定期对员工进行法律培训，提高员工的法律素养和风险防范意识。
若您发现发包方与总包方存在恶意串通的行为，建议您及时采取措施进行应对，以维护自身的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。