结论：在您描述的情形下，若您已将借款偿还给第三人，但债权人不承认并起诉要求您还款，您需要从多个角度来应对这一问题，包括证明还款事实、分析第三人代收的合法性以及可能的法律后果。
一、证明还款事实
收集证据：
- 您需要收集所有能证明您已向第三人还款的证据，如转账记录、收据、聊天记录、证人证言等。这些证据应能清晰显示还款的时间、金额以及收款人的身份。
- 如果可能，尽量获取债权人的书面确认或录音录像等直接证据，证明债权人知晓并同意您向第三人还款。
证明还款与借款的关联性：
- 您需要证明所还款项与债权人出借的款项是同一笔债务。这可以通过借款合同、借条、聊天记录等证据来佐证。
二、分析第三人代收的合法性
债权人授权：
- 如果债权人事先明确授权第三人代收还款，那么您向第三人还款的行为是有效的。您需要提供债权人授权第三人代收的证据，如书面授权书、聊天记录等。
表见代理：
- 即使债权人没有明确授权第三人代收，但如果第三人持有债权人的相关凭证（如借条、借款合同等），且您有理由相信第三人有权代收还款（如债权人曾多次通过第三人收款），那么可能构成表见代理。在这种情况下，您向第三人还款的行为也可能被认定为有效。但这一点的证明难度较大，需要充分的证据支持。
无权代理：
- 如果第三人没有债权人的授权，且您也没有理由相信第三人有权代收还款，那么您向第三人还款的行为可能构成无权代理。在这种情况下，债权人仍有权要求您还款，但您可以向第三人追偿。
三、可能的法律后果及应对策略
债权人起诉要求还款：
- 如果债权人起诉要求您还款，您应积极应诉，提供上述证据证明您已还款的事实。如果法院认定您已还款，将驳回债权人的诉讼请求。
第三人拒绝返还或无法联系：
- 如果第三人拒绝返还您已支付的款项或无法联系，您可能需要通过法律途径向第三人追偿。这可能需要您另行提起诉讼或申请强制执行等。
债权人恶意诉讼：
- 如果债权人明知您已还款但仍起诉要求还款，可能构成恶意诉讼。在这种情况下，您可以向法院提出抗辩，并要求债权人承担因恶意诉讼给您造成的损失。
四、建议
及时沟通：
- 在还款前，尽量与债权人沟通确认还款方式及收款人身份，避免产生不必要的纠纷。
保留证据：
- 无论采用何种还款方式，都应保留好相关证据，以备不时之需。
寻求法律帮助：
- 如果遇到复杂的法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，面对此类纠纷，关键在于收集并保留好相关证据，以证明您的还款事实及第三人代收的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。