公司扣留工伤认定书是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
根据《工伤保险条例》的相关规定，社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定，并书面通知申请工伤认定的职工或者其近亲属和该职工所在单位。这意味着，工伤认定书一旦作出，就应当及时送达给相关方，包括受伤职工本人。公司作为用人单位，没有权利扣留工伤认定书。工伤认定书是职工享受工伤保险待遇的重要依据，扣留该认定书会妨碍职工依法享受应有的权益。
实际操作角度
如果公司扣留了工伤认定书，职工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
与公司沟通：首先，职工可以尝试与公司进行沟通，了解公司扣留工伤认定书的原因，并要求公司立即交付。在沟通过程中，职工可以保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳，争取通过协商解决问题。
向劳动监察部门投诉：如果公司拒绝交付工伤认定书，职工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查和处理，并可以责令公司交付工伤认定书。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理未能满足职工的需求，职工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，职工需要提供相关证据来证明公司的违法行为，并要求公司承担相应的法律责任。
后续影响角度
公司扣留工伤认定书不仅可能面临法律制裁，还可能对公司的声誉和形象造成负面影响。在当今社会，企业的社会责任和形象越来越受到重视。一个不尊重员工权益、违反法律法规的企业，很难赢得员工和社会的信任和支持。因此，公司应当遵守法律法规，尊重员工的合法权益，及时交付工伤认定书等法律文件。
建议：如果你遇到了公司扣留工伤认定书的情况，不要慌张和妥协。你可以先尝试与公司沟通解决问题；如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。同时，你也可以向我咨询更多关于劳动工伤方面的法律问题，我会为你提供专业的解答和建议。