民事案件起诉后被告公司更名，不影响案件的继续审理，您无需因此撤诉或重新起诉，但需及时向法院提交被告公司更名的相关证据材料，以确保诉讼程序的顺利进行。具体分析如下：

1. 法律效力的连续性
   根据《中华人民共和国公司法》及《民事诉讼法》相关规定，公司更名属于工商登记事项变更，其民事主体资格和诉讼地位不受影响。更名后的公司仍需承担原公司的法律责任，诉讼程序继续有效。例如，若原公司名为“A有限公司”，更名为“B有限公司”，您只需在诉讼材料中将被告名称更新为“B有限公司”，并附上工商变更登记证明即可。

2. 程序性操作建议

   • 提交变更证据：立即向法院提交被告公司的《企业信用信息公示报告》（可从国家企业信用信息公示系统下载）或工商部门出具的《变更登记通知书》，证明被告名称变更的事实。
     
   • 申请变更被告名称：向法院提交书面申请，请求将诉讼文书中的被告名称变更为更名后的公司名称。法院审查后会出具裁定书，确认被告名称变更。
     
   • 通知被告应诉：法院会根据更名后的公司名称重新送达诉讼文书，确保被告知晓诉讼进展。

3. 实体权利保障
   公司更名不影响您主张的实体权利。例如，若您起诉要求被告支付货款，即使被告更名，您仍有权要求更名后的公司履行付款义务。但需注意：

   • 诉讼时效中断：若您在起诉前曾向原公司催款，更名后需重新向更名后的公司主张权利，以避免诉讼时效问题。
     
   • 执行阶段衔接：若案件进入执行阶段，需向法院提供被告更名后的准确信息，确保执行措施（如冻结账户、查封财产）针对正确主体。

4. 特殊情形处理

   • 恶意更名逃避债务：若被告更名存在恶意（如无实际经营变更、转移资产等），您可向法院申请财产保全，或依据《公司法》追究原股东或实际控制人的责任。
     
   • 更名后公司注销：若被告在诉讼中注销，您需变更诉讼主体为清算义务人（如股东）或根据具体情况申请追加被告。

总结：公司更名是诉讼中常见的程序性事项，您只需按法院要求补充变更证据，即可推动案件继续进行。若遇到复杂情况（如恶意更名、注销等），可进一步向我咨询具体应对策略。