结论：新员工入职2天后失联5天，不能直接认定为自动离职。公司需采取合法合规的措施处理，避免违法风险。以下是具体分析和建议：

1. 自动离职的认定需符合法定条件

根据《劳动合同法》及相关规定，员工“自动离职”通常指员工单方解除劳动合同且未履行通知义务的行为，但需满足以下条件：

• 员工主观意愿明确：需有证据证明员工主动放弃工作（如书面辞职申请、口头明确表示离职等）；
• 客观行为支持：员工长期未到岗且未说明原因，或通过行为表明不再履行劳动合同（如拒绝联系、转移工作资料等）。

本案中：员工仅失联5天，时间较短，且未明确表达离职意愿，无法直接认定为自动离职。若公司单方解除合同，可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。

2. 公司应采取的合法处理步骤

步骤1：尝试联系员工，确认失联原因

• 方式：通过电话、短信、邮件、紧急联系人（如入职时填写的亲属联系方式）等多渠道联系员工，保留沟通记录（如通话录音、短信截图等）。
• 目的：排除员工因突发疾病、意外事故等不可抗力导致失联的可能性，避免误判。

步骤2：发送书面通知，要求返岗或说明情况

• 内容：明确要求员工在合理期限内（如3日内）返岗或书面说明失联原因，并告知逾期未回应的后果（如按旷工处理）。
• 形式：通过EMS（留存邮寄凭证）或员工确认的电子邮箱发送，确保通知送达。
• 法律依据：根据《劳动合同法》第39条，员工严重违反用人单位规章制度的，公司可解除合同。但需以规章制度明确规定“旷工X日属于严重违纪”为前提。

步骤3：依据规章制度处理（如有）

• 前提：公司需有合法有效的规章制度（如《员工手册》），且已通过民主程序制定并公示（如员工签字确认）。
• 处理方式：
  • 若规章制度规定“连续旷工3日或累计旷工5日属于严重违纪”，且员工失联5天符合该条件，公司可解除合同；
  • 若无相关制度，或制度未公示，公司单方解除合同可能违法。

步骤4：解除合同的合法程序

• 通知工会：根据《劳动合同法》第43条，公司解除合同需事先通知工会（如有）；未设立工会的，需向当地劳动部门报备。
• 出具解除证明：解除合同后，公司需向员工出具书面证明，并办理档案和社会保险关系转移手续。

3. 风险提示与建议

• 避免直接停发工资或停缴社保：此行为可能被认定为违法解除，员工可主张赔偿金或要求继续履行合同。
• 保留证据链：所有沟通记录、通知文件、规章制度等需完整保存，以备劳动仲裁或诉讼使用。
• 协商优先：若员工因个人原因（如家庭变故）暂时无法返岗，可协商暂时停薪留职或调整工作时间，降低法律风险。

总结：公司需通过合法程序确认员工失联性质，避免单方认定“自动离职”。如有疑问或需进一步协助，可直接向我咨询。