结论：协议未明确管辖法院，确实可能导致协议管辖条款无效，这主要依据的是《中华人民共和国民事诉讼法》中关于协议管辖的相关规定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条：“合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。协议选择的地点与争议无实际联系的，协议无效”。这一条款明确规定了协议管辖的选择范围及无效情形，其中就包括了未明确管辖法院或选择的法院与争议无实际联系的情况。
二、具体分析
未明确管辖法院：
- 如果协议中仅约定了“由双方协商确定管辖法院”或类似表述，而未具体指明哪一个法院，这样的条款可能因缺乏明确性而被认定为无效。因为在实际操作中，双方可能无法就管辖法院达成一致，导致管辖权不确定，进而影响诉讼程序的顺利进行。
选择的法院与争议无实际联系：
- 即使协议中明确指出了管辖法院，但如果该法院与争议无实际联系（如既非被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地，也非标的物所在地等），则该协议管辖条款同样可能被认定为无效。这是因为法律要求协议管辖必须与争议有实际联系，以确保诉讼的便利性和公正性。
三、法律后果
- 当协议管辖条款被认定为无效时，案件将按照法定管辖原则进行审理。这通常意味着案件将由被告住所地或合同履行地的人民法院管辖，具体取决于案件的性质和法律规定。
四、建议
在签订协议时明确管辖法院：
- 为了避免协议管辖条款被认定为无效，双方在签订协议时应尽可能明确约定管辖法院，并确保该法院与争议有实际联系。
咨询专业律师：
- 在涉及复杂或高价值的合同纠纷时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据案件的具体情况和法律规定，为双方提供合理的管辖法院选择方案。
注意协议管辖的限制：
- 除了明确性和实际联系性外，协议管辖还不得违反级别管辖和专属管辖的规定。因此，在约定管辖法院时，双方应确保不违反这些限制性规定。
如有任何关于协议管辖或其他法律问题的疑问，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议和帮助。